bp_bin/findsim_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find similar sequences between query sequences from the stream and a database.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'pp'
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/fasta'
  34 require 'maasha/findsim'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'database',      :short=>'d', :type=>'file!', :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'kmer',          :short=>'k', :type=>'uint',  :mandatory=>false, :default=>8,   :allowed=>"4,5,6,7,8,9", :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'step',          :short=>'s', :type=>'uint',  :mandatory=>false, :default=>1,   :allowed=>nil,           :disallowed=>"0"}
  40 casts << {:long=>'min_score',     :short=>'m', :type=>'float', :mandatory=>false, :default=>0.5, :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'max_hits',      :short=>'h', :type=>'uint',  :mandatory=>false, :default=>20,  :allowed=>nil,           :disallowed=>"0"}
  42 casts << {:long=>'max_diversity', :short=>'M', :type=>'float', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'query_ids',     :short=>'Q', :type=>'flag',  :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'subject_ids',   :short=>'S', :type=>'flag',  :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  45 casts << {:long=>'realign',       :short=>'r', :type=>'flag',  :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  46
  47 options    = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  48 tmpdir     = Biopieces.mktmpdir
  49 query_file = File.join(tmpdir, "query.fna")
  50
  51 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  52   Fasta.open(query_file, "w") do |fasta_io|
  53     input.each_record do |record|
  54       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  55         entry = Seq.new_bp(record)
  56
  57         fasta_io.puts entry.to_fasta
  58       end
  59
  60       output.puts record
  61     end
  62   end
  63
  64   fs = FindSim.new(options)
  65   fs.load_query(query_file)
  66   fs.search_db(options[:database])
  67
  68   fs.each do |hit|
  69     output.puts hit.to_bp
  70   end
  71 end
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 __END__