bp_bin/find_pairs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Order records with pair end sequence data.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'pp'
  33
  34 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  35
  36 hash = {}
  37
  38 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  39   input.each_record do |record|
  40     if record[:SEQ_NAME]
  41       seq_name = record[:SEQ_NAME]
  42
  43       case seq_name
  44       when /^(.+)\/(\d)$/   # Illumina 1.5
  45         name = $1.to_sym
  46         pair = $2.to_i
  47         type = 15
  48       when /^(.+) (\d):/    # Illumina 1.8
  49         name = $1.to_sym
  50         pair = $2.to_i
  51         type = 18
  52       else
  53         $stderr.puts "WARNING: Unmatched sequence name: #{record[:SEQ_NAME]}"
  54       end
  55
  56       if hash[name]
  57         if pair == 1
  58           output.puts({:SEQ_NAME => seq_name})
  59           output.puts({:SEQ_NAME => (type == 15) ? seq_name.sub(/\d$/, '2') : seq_name.sub(/ \d:/, ' 2:')})
  60         else
  61           output.puts({:SEQ_NAME => (type == 15) ? seq_name.sub(/\d$/, '1') : seq_name.sub(/ \d:/, ' 1:')})
  62           output.puts({:SEQ_NAME => seq_name})
  63         end
  64       else
  65         hash[name] = true
  66       end
  67     end
  68   end
  69 end
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 __END__