bp_bin/find_orphans

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Identify paired end orphan in records with sequence data.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'pp'
  33
  34 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  35
  36 class Illumina
  37   def self.name_match?(name1, name2)
  38
  39     if name1[-2] == '/'
  40       name1[0 .. -3 ] == name2[0 .. -3]                # Solexa and Illumina <= 1.5 version names
  41     else
  42       name1.split(" ").first == name2.split(" ").first # Illumina > 1.5 version names
  43     end
  44   end
  45 end
  46
  47 records = []
  48
  49 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  50   input.each_record do |record|
  51     records << record
  52
  53     if records.size == 2
  54       if Illumina.name_match?(records.first[:SEQ_NAME], records.last[:SEQ_NAME])
  55         records.first[:TYPE] = "paired"
  56         records.last[:TYPE]  = "paired"
  57
  58         output.puts records.first
  59         output.puts records.last
  60
  61         records = []
  62       else
  63         records.first[:TYPE] = "orphan"
  64         output.puts records.first
  65
  66         records.shift
  67       end
  68     end
  69   end
  70
  71   records.each do |record|
  72     record[:TYPE] = "orphan"
  73     output.puts record
  74   end
  75 end
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 __END__