bp_bin/find_orfs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Determine the frequencies for k-mers in sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/seq'
  34
  35 codons_start = "ATG,GTG,AUG,GUG"
  36 codons_stop  = "TAA,TGA,TAG,UAA,UGA,UAG"
  37
  38 casts = []
  39 casts << {:long=>'start_codons',  :short=>'s', :type=>'list', :mandatory=>true,  :default=>codons_start, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'stop_codons',   :short=>'S', :type=>'list', :mandatory=>true,  :default=>codons_stop,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'min_size',      :short=>'m', :type=>'uint', :mandatory=>true,  :default=>50,           :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  42 casts << {:long=>'max_size',      :short=>'M', :type=>'uint', :mandatory=>true,  :default=>10_000,       :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  43 casts << {:long=>'non_redundant', :short=>'n', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil,          :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  44
  45 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  46
  47 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  48   input.each_record do |record|
  49     output.puts record
  50
  51     if record[:SEQ]
  52       entry = Seq.new_bp(record)
  53
  54       entry.each_orf(options[:min_size], options[:max_size], options[:start_codons], options[:stop_codons], options[:non_redundant]) do |orf, orf_beg, orf_end|
  55         new_record = {}
  56         new_record[:REC_TYPE] = "ORF"
  57         new_record.merge!(orf.to_bp)
  58         new_record[:S_BEG] = orf_beg
  59         new_record[:S_END] = orf_end
  60
  61         output.puts new_record
  62       end
  63     end
  64   end
  65 end
  66
  67
  68 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  69
  70
  71 __END__