bp_bin/find_homopolymers

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find homopolymers in sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/seq'
  34 require 'pp'
  35
  36 class Seq; include Homopolymer; end
  37
  38 casts = []
  39 casts << {:long=>'min',     :short=>'m', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>1,   :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  40 casts << {:long=>'limit',   :short=>'l', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  41 casts << {:long=>'longest', :short=>'L', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  42
  43 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  44
  45 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  46   input.each_record do |record|
  47     if record[:SEQ]
  48       seq = Seq.new(nil, record[:SEQ])
  49
  50       longest = Seq::Homopolymer.new("", 0, 0)
  51       got_one = false
  52       count   = 0
  53
  54       seq.each_homopolymer(options[:min]) do |h|
  55         got_one = true
  56
  57         record[:HOMOPOL_PAT] = h.pattern
  58         record[:HOMOPOL_LEN] = h.length
  59         record[:HOMOPOL_POS] = h.pos
  60
  61         if options[:longest]
  62           longest = h.length > longest.length ? h : longest
  63         else
  64           output.puts record
  65
  66           count += 1
  67
  68           break if options[:limit] and options[:limit] == count
  69         end
  70       end
  71
  72       if options[:longest]
  73         if longest.length > options[:min]
  74           record[:HOMOPOL_PAT] = longest.pattern
  75           record[:HOMOPOL_LEN] = longest.length
  76           record[:HOMOPOL_POS] = longest.pos
  77         end
  78
  79         output.puts record
  80       elsif not got_one
  81         output.puts record
  82       end
  83     else
  84       output.puts record
  85     end
  86   end
  87 end
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 __END__