bp_bin/find_genes

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find genes in prokaryotic genomic sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'fasta'
  34 require 'prodigal'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'full', :short=>'f', :type=>'flag',      :mandatory=>false, :default=>nil,      :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'full', :short=>'p', :type=>'procedure', :mandatory=>true,  :default=>'single', :allowed=>'single,meta', :disallowed=>nil}
  39
  40 bp = Biopieces.new
  41
  42 options = bp.parse(ARGV, casts)
  43
  44 tmpdir  = bp.mktmpdir
  45 infile  = "#{tmpdir}/in.fna"
  46 outfile = "#{tmpdir}/out.prodigal"
  47
  48 Fasta.open(infile, mode="w") do |fasta_io|
  49   bp.each_record do |record|
  50     bp.puts record
  51     fasta_io.puts record
  52   end
  53 end
  54
  55 prodigal = Prodigal.new(infile, outfile, options)
  56 prodigal.run
  57
  58 prodigal.each do |record|
  59   record[:DEFINITION].match /seqhdr="([^"]+)/ do |m|
  60     record[:S_ID] = $1
  61   end
  62
  63   bp.puts record
  64 end
  65
  66
  67 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  68
  69
  70 __END__