bp_bin/find_gaps

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find stretches of N's in sequences from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $gaps, $gap );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'min_len', short => 'm', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 5, allowed => undef, disallowed => 0 },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  51
  52     if ( exists $record->{ 'SEQ' } )
  53     {
  54         $gaps = find_gaps( $record->{ 'SEQ' }, $options->{ 'min_len' } );
  55
  56         foreach $gap ( @{ $gaps } )
  57         {
  58             $gap->{ 'S_ID' } = $record->{ 'S_ID' } || $record->{ 'SEQ_NAME' };
  59
  60             Maasha::Biopieces::put_record( $gap, $out );
  61         }
  62     }
  63 }
  64
  65 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  66 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 sub find_gaps
  73 {
  74     # Martin A. Hansen, March 2010.
  75
  76     # Find  stretches, larger than or equal to a given minimum
  77     # of N's in a sequence, and returns a list of intervals
  78     # with these.
  79
  80     my ( $seq,   # Sequence
  81          $min,   # Minimum stretch length
  82        ) = @_;
  83
  84     # Returns a list.
  85
  86     my ( $gap_char, @gaps, $block, $beg, $end );
  87
  88     $gap_char = 'N';
  89
  90     $seq = uc $seq;
  91
  92     $block = $gap_char x $min;
  93
  94     $beg = 0;
  95
  96     while ( 1 )
  97     {
  98         $beg = index $seq, $block, $beg;
  99
 100         last if $beg < 0;
 101
 102         $end = $beg;
 103
 104         while ( substr( $seq, $end, 1 ) eq $gap_char ) {
 105             $end++;
 106         }
 107
 108         push @gaps, {
 109             S_BEG => $beg,
 110             S_END => $end - 1,
 111             S_LEN => $end - $beg,
 112         };
 113
 114         $beg = $end + 1;
 115     }
 116
 117     return wantarray ? @gaps : \@gaps;
 118 }
 119
 120
 121 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 122
 123
 124 BEGIN
 125 {
 126     Maasha::Biopieces::status_set();
 127 }
 128
 129
 130 END
 131 {
 132     Maasha::Biopieces::status_log();
 133 }
 134
 135
 136 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 137
 138
 139 __END__