bp_bin/find_SNPs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find SNPs in records of SAM type in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  36
  37 snp_hash = Hash.new { |h,k| h[k] = Hash.new { |h,k| h[k] = Hash.new(0) } }
  38
  39 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  40   input.each_record do |record|
  41     output.puts record
  42
  43     if record.has_key? :ALIGN  and
  44        record.has_key? :S_ID   and
  45        record.has_key? :S_BEG  and
  46        record[:ALIGN] != '.'
  47
  48        record[:ALIGN].split(',').each do |snp|
  49          pos, event = snp.split(':')
  50
  51          pos = pos.to_i + record[:S_BEG].to_i
  52
  53          snp_hash[record[:S_ID].to_sym][pos][event.to_sym] += 1
  54        end
  55     end
  56   end
  57
  58   snp_hash.each_pair do |s_id, pos_hash|
  59     new_record = {}
  60     new_record[:REC_TYPE] = 'SNP'
  61     new_record[:S_ID]     = s_id
  62
  63     pos_hash.each_pair do |pos, event_hash|
  64       new_record[:POS] = pos
  65
  66       event_hash.each_pair do |event, count|
  67         new_record[:EVENT]     = event
  68         new_record[:SNP_COUNT] = count
  69
  70         before, after = event.to_s.split('>')
  71
  72         if before == '-'
  73           type = 'INSERTION'
  74         elsif after == '-'
  75           type = 'DELETION'
  76         else
  77           type = 'MISMATCH'
  78         end
  79          new_record[:TYPE] = type
  80       end
  81
  82       output.puts new_record
  83     end
  84   end
  85 end
  86
  87
  88 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  89
  90
  91 __END__