bp_bin/find_SNPs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find SNPs in records of SAM type in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'coverage', :short=>'c', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 snp_hash = Hash.new { |hash, key| hash[key] = Hash.new { |h, k| h[k] = Hash.new(0) } }
  41 cov_hash = Hash.new { |hash, key| hash[key] = Hash.new(0) }
  42
  43 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  44   input.each_record do |record|
  45     output.puts record
  46
  47     if record[:ALIGN] and
  48        record[:S_ID]  and
  49        record[:S_BEG] and
  50        record[:ALIGN] != '.'
  51
  52        record[:ALIGN].split(',').each do |snp|
  53          pos, event = snp.split(':')
  54
  55          pos = pos.to_i + record[:S_BEG].to_i
  56
  57          snp_hash[record[:S_ID].to_sym][pos][event.to_sym] += 1
  58        end
  59     end
  60
  61     if options[:coverage] and
  62        record[:S_ID]      and
  63        record[:S_BEG]     and
  64        record[:S_END]
  65       (record[:S_BEG].to_i .. record[:S_END].to_i).each do |i|
  66         cov_hash[record[:S_ID].to_sym][i] += 1
  67       end
  68     end
  69   end
  70
  71   snp_hash.each_pair do |s_id, pos_hash|
  72     new_record = {}
  73     new_record[:REC_TYPE] = 'SNP'
  74     new_record[:S_ID]     = s_id
  75
  76     pos_hash.each_pair do |pos, event_hash|
  77       new_record[:POS]      = pos
  78       new_record[:COVERAGE] = cov_hash[s_id][pos] if options[:coverage]
  79
  80       event_hash.each_pair do |event, count|
  81         new_record[:EVENT]     = event
  82         new_record[:SNP_COUNT] = count
  83
  84         before, after = event.to_s.split('>')
  85
  86         if before == '-'
  87           type = 'INSERTION'
  88         elsif after == '-'
  89           type = 'DELETION'
  90         else
  91           type = 'MISMATCH'
  92         end
  93
  94          new_record[:TYPE] = type
  95       end
  96
  97       output.puts new_record
  98     end
  99   end
 100 end
 101
 102 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 103
 104
 105 __END__