bp_bin/extract_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split the values of a key into new key/value pairs.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $beg, $end, $len );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'beg', short => 'b', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'end', short => 'e', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'len', short => 'l', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 if ( not defined $options->{ "beg" } or $options->{ "beg" } < 0 ) {
  51     $beg = 0;
  52 } else {
  53     $beg = $options->{ "beg" } - 1;   # correcting for start offset
  54 }
  55
  56 if ( defined $options->{ "end" } and $options->{ "end" } - 1 < $beg ) {
  57     $end = $beg - 1;
  58 } elsif ( defined $options->{ "end" } ) {
  59     $end = $options->{ "end" } - 1;   # correcting for start offset
  60 }
  61
  62 $len = $options->{ "len" };
  63
  64 #    print "beg->$beg,  end->$end,  len->$len\n";
  65
  66 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  67 {
  68     if ( $record->{ "SEQ" } )
  69     {
  70         if ( defined $beg and defined $end )
  71         {
  72             if ( $end - $beg + 1 > length $record->{ "SEQ" } )
  73             {
  74                 $record->{ "SEQ" }    = substr $record->{ "SEQ" }, $beg;
  75                 $record->{ "SCORES" } = substr $record->{ "SEQ" }, $beg if $record->{ "SCORES" };
  76             }
  77             else
  78             {
  79                 $record->{ "SEQ" }    = substr $record->{ "SEQ" }, $beg, $end - $beg + 1;
  80                 $record->{ "SCORES" } = substr $record->{ "SCORES" }, $beg, $end - $beg + 1 if $record->{ "SCORES" };
  81             }
  82         }
  83         elsif ( defined $beg and defined $len )
  84         {
  85             if ( $len > length $record->{ "SEQ" } )
  86             {
  87                 $record->{ "SEQ" }    = substr $record->{ "SEQ" }, $beg;
  88                 $record->{ "SCORES" } = substr $record->{ "SCORES" }, $beg if $record->{ "SCORES" };
  89             }
  90             else
  91             {
  92                 $record->{ "SEQ" }    = substr $record->{ "SEQ" }, $beg, $len;
  93                 $record->{ "SCORES" } = substr $record->{ "SCORES" }, $beg, $len if $record->{ "SCORES" };
  94             }
  95         }
  96         elsif ( defined $beg )
  97         {
  98             $record->{ "SEQ" }    = substr $record->{ "SEQ" }, $beg;
  99             $record->{ "SCORES" } = substr $record->{ "SCORES" }, $beg if $record->{ "SCORES" };
 100         }
 101
 102         $record->{ "SEQ_LEN" } = length $record->{ "SEQ" };
 103     }
 104
 105     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 106 }
 107
 108 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 109 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 110
 111
 112 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 113
 114
 115 BEGIN
 116 {
 117     Maasha::Biopieces::status_set();
 118 }
 119
 120
 121 END
 122 {
 123     Maasha::Biopieces::status_log();
 124 }
 125
 126
 127 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 128
 129
 130 __END__