bp_bin/embl_index

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Scan EMBL files and output a file index.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::EMBL;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $file, $data_in, $entry, $id, $offset );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  52     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  53 }
  54
  55 foreach $file ( @{ $options->{ 'data_in' } } )
  56 {
  57     Maasha::Common::error( qq(File "$file" is gzipped) ) if Maasha::Filesys::is_gzipped( $file );
  58
  59     $data_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
  60
  61     $offset = 0;
  62
  63     while ( $entry = Maasha::EMBL::get_embl_entry( $data_in ) )
  64     {
  65         if ( $entry =~ /^ID   ([^;]+)/ )
  66         {
  67             $id = $1;
  68
  69             $record = {
  70                 FILE   => "$ENV{ 'PWD' }/$file",
  71                 ID     => $id,
  72                 OFFSET => $offset,
  73                 LEN    => length $entry,
  74             };
  75
  76             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  77
  78             $offset += length $entry;
  79         }
  80         else
  81         {
  82             Maasha::Common::error( "Bad EMBL entry" );
  83         }
  84     }
  85
  86     close $data_in;
  87 }
  88
  89 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  90 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 BEGIN
  97 {
  98     Maasha::Biopieces::status_set();
  99 }
 100
 101
 102 END
 103 {
 104     Maasha::Biopieces::status_log();
 105 }
 106
 107
 108 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 109
 110
 111 __END__