bp_bin/create_weight_matrix

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a residue composition weight matrix of an alignment in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $count, $i, $res, %freq_hash, %res_hash, $freq );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'percent', short => 'p', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 $count = 0;
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  52 {
  53     if ( $record->{ "SEQ" } )
  54     {
  55         for ( $i = 0; $i < length $record->{ "SEQ" }; $i++ )
  56         {
  57             $res = substr $record->{ "SEQ" }, $i, 1;
  58
  59             $freq_hash{ $i }{ $res }++;
  60             $res_hash{ $res } = 1;
  61         }
  62
  63         $count++;
  64     }
  65     else
  66     {
  67         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  68     }
  69 }
  70
  71 foreach $res ( sort keys %res_hash )
  72 {
  73     undef $record;
  74
  75     $record->{ "V0" } = $res;
  76
  77     for ( $i = 0; $i < keys %freq_hash; $i++ )
  78     {
  79         $freq = $freq_hash{ $i }{ $res } || 0;
  80
  81         if ( $options->{ "percent" } ) {
  82             $freq = sprintf( "%.0f", 100 * $freq / $count ) if $freq > 0;
  83         }
  84
  85         $record->{ "V" . ( $i + 1 ) } = $freq;
  86     }
  87
  88     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  89 }
  90
  91 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  92 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  93
  94
  95 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  96
  97
  98 BEGIN
  99 {
 100     Maasha::Biopieces::status_set();
 101 }
 102
 103
 104 END
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_log();
 107 }
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 __END__