bp_bin/create_fixedstep_index

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a fixedstep index from fixedstep entries in the stream for use with [get_fixedstep].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  34 use Maasha::Filesys;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $default, $formats, $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $file_out, $fh_out, $entry );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'directory',  short => 'd', type => 'dir',    mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'index_name', short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 Maasha::Common::error( qq(Directory already exists: "$options->{ 'directory' }") ) if -d $options->{ 'directory' };
  51
  52 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $options->{ 'directory' } );
  53
  54 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  55 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  56
  57 $file_out = "$options->{ 'directory' }/$options->{ 'index_name' }.wig";
  58 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $file_out );
  59
  60 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  61 {
  62     if ( $entry = Maasha::UCSC::Wiggle::biopiece2fixedstep( $record ) ) {
  63         Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_entry_put( $entry, $fh_out );
  64     }
  65
  66     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  67 }
  68
  69 close $fh_out;
  70
  71 Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index( $file_out, $options->{ 'directory' }, $options->{ 'index_name' } . ".index" );
  72
  73 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  74 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 BEGIN
  81 {
  82     Maasha::Biopieces::status_set();
  83 }
  84
  85
  86 END
  87 {
  88     Maasha::Biopieces::status_log();
  89 }
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 __END__