bp_bin/create_bowtie2_index

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Create bowtie2 index from sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'no_stream',  :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'directory',  :short=>'d', :type=>'dir',    :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'index_name', :short=>'i', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38
  39 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  40
  41 unless File.directory? options[:directory]
  42   Dir.mkdir options[:directory]
  43 end
  44
  45 tmpdir  = Biopieces.mktmpdir
  46 tmpfile = File.join(tmpdir, "tmp.fna")
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   Fasta.open(tmpfile, "w") do |fasta_io|
  50     input.each_record do |record|
  51       output.puts record unless options[:no_stream]
  52
  53       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  54         fasta_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  55       end
  56     end
  57   end
  58 end
  59
  60 cmd = []
  61 cmd << "bowtie2-build"
  62 cmd << "-q" unless options[:verbose]
  63 cmd << tmpfile
  64 cmd << File.join(options[:directory], options[:index_name])
  65
  66 c = cmd.join(" ")
  67
  68 $stderr.puts c if options[:verbose]
  69
  70 system(c)
  71
  72 raise "Error: executing #{c}" unless $?.success?
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 __END__