bp_bin/count_records

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Count the number of records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Fasta;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $data_out, $count, $result, $line );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  51
  52 $count = 0;
  53
  54 if ( $options->{ "no_stream" } )
  55 {
  56     while ( $line = <$in> )
  57     {
  58         chomp $line;
  59
  60         $count++ if $line eq "---";
  61     }
  62 }
  63 else
  64 {
  65     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  66     {
  67         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  68
  69         $count++;
  70     }
  71 }
  72
  73 $result = { "RECORDS_COUNT" => $count };
  74
  75 Maasha::Biopieces::put_record( $result, $data_out );
  76
  77 close $data_out;
  78
  79 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  80 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  81
  82
  83 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  84
  85
  86 BEGIN
  87 {
  88     Maasha::Biopieces::status_set();
  89 }
  90
  91
  92 END
  93 {
  94     Maasha::Biopieces::status_log();
  95 }
  96
  97
  98 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  99
 100
 101 __END__