bp_bin/compute

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Performs computations on records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $eval_key, @keys, $eval_val );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'eval',   short => 'e', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'format', short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  52 {
  53     if ( $options->{ "eval" } =~ /^(\S+)\s*=\s*(.+)$/ )
  54     {
  55         $eval_key = $1;
  56         $eval_val = $2;
  57
  58         if ( not @keys )
  59         {
  60             @keys = split /\s+|\+|-|\*|\/|\*\*/, $eval_val;
  61
  62             @keys = grep { exists $record->{ $_ } } @keys;
  63         }
  64
  65         map { $eval_val =~ s/\Q$_\E/$record->{ $_ }/g } @keys;
  66
  67         if ( $eval_val =~ /\+|\-|\*|\// or $eval_val =~ /\s+x\s+/)
  68         {
  69             $record->{ $eval_key } = eval "$eval_val";
  70             Maasha::Common::error( qq(eval "$eval_key = $eval_val" failed -> $@) ) if $@;
  71             $record->{ $eval_key } = sprintf( $options->{ 'format' }, $record->{ $eval_key } ) if $options->{ 'format' };
  72         }
  73         else
  74         {
  75             $record->{ $eval_key } = $eval_val;
  76         }
  77     }
  78     else
  79     {
  80         Maasha::Common::error( qq(Bad compute expression: "$options->{ 'eval' }"\n) );
  81     }
  82
  83     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  84 }
  85
  86 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  87 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 BEGIN
  94 {
  95     Maasha::Biopieces::status_set();
  96 }
  97
  98
  99 END
 100 {
 101     Maasha::Biopieces::status_log();
 102 }
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 __END__