bp_bin/clip_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Clip sequences in the stream based on soft masked sequence.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33
  34 casts = []
  35
  36 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  37
  38 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  39   input.each_record do |record|
  40     if record[:SEQ]
  41       trim_beg = 0
  42       trim_end = record[:SEQ].length
  43
  44       record[:SEQ] =~ /[^a-z]/
  45
  46       trim_beg = $`.length
  47
  48       if record[:SEQ] =~ /[a-z]+$/
  49         trim_end = $`.length
  50       else
  51         trim_end = record[:SEQ].length
  52       end
  53
  54       record[:SEQ]     = record[:SEQ][trim_beg ... trim_end]
  55       record[:SEQ_LEN] = record[:SEQ].length
  56       record[:SCORES]  = record[:SCORES][trim_beg ... trim_end] if record[:SCORES]
  57     end
  58
  59     output.puts record
  60   end
  61 end
  62
  63
  64 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  65
  66
  67 __END__