bp_bin/clip_adaptor

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Clip adaptor sequences in the stream based on ADAPTOR_POS key.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/seq'
  34
  35 casts = []
  36
  37 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  38
  39 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  40   input.each_record do |record|
  41     if record[:SEQ] and (record[:ADAPTOR_POS_LEFT] or record[:ADAPTOR_POS_RIGHT])
  42       entry = Seq.new_bp(record)
  43
  44       if record[:ADAPTOR_POS_RIGHT]
  45         entry = entry[0 ... record[:ADAPTOR_POS_RIGHT].to_i]
  46       end
  47
  48       if record[:ADAPTOR_POS_LEFT]
  49         if record[:ADAPTOR_POS_LEFT].to_i + record[:ADAPTOR_LEN_LEFT].to_i < entry.length
  50           entry = entry[record[:ADAPTOR_POS_LEFT].to_i + record[:ADAPTOR_LEN_LEFT].to_i .. -1]
  51         end
  52       end
  53
  54       record.merge! entry.to_bp
  55     end
  56
  57     output.puts record
  58   end
  59 end
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 __END__