bp_bin/calc_bit_scores

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Calculate the bit score for each position based on an alignment in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Seq;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $count, $i, $res, $type, $bit_max, %freq_hash, $bit_height, $bit_diff );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  41
  42 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  43 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  44
  45 $count = 0;
  46
  47 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  48 {
  49     if ( $record->{ "SEQ" } )
  50     {
  51         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ "SEQ" } ) if not $type;
  52
  53         for ( $i = 0; $i < length $record->{ "SEQ" }; $i++ )
  54         {
  55             $res = substr $record->{ "SEQ" }, $i, 1;
  56
  57             next if $res =~ /-|_|~|\./;
  58
  59             $freq_hash{ $i }{ $res }++;
  60         }
  61
  62         $count++;
  63     }
  64     else
  65     {
  66         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  67     }
  68 }
  69
  70 undef $record;
  71
  72 if ( $type eq "PROTEIN" ) {
  73     $bit_max = 4;
  74 } else {
  75     $bit_max = 2;
  76 }
  77
  78 for ( $i = 0; $i < keys %freq_hash; $i++ )
  79 {
  80     $bit_height = Maasha::Seq::seqlogo_calc_bit_height( $freq_hash{ $i }, $count );
  81
  82     $bit_diff = $bit_max - $bit_height;
  83
  84     $record->{ "V" . ( $i ) } = sprintf( "%.2f", $bit_diff );
  85 }
  86
  87 Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  88
  89 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  90 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 BEGIN
  97 {
  98     Maasha::Biopieces::status_set();
  99 }
 100
 101
 102 END
 103 {
 104     Maasha::Biopieces::status_log();
 105 }
 106
 107
 108 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 109
 110
 111 __END__