bp_bin/bowtie2_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Run bowtie2 to map sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/sam'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'index_name', :short=>'i', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil,      :allowed=>nil,             :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'type',       :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>"single", :allowed=>"single,paired", :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'cpus',       :short=>'c', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>1,        :allowed=>nil,             :disallowed=>"0"}
  39
  40 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  41
  42 tmp_dir  = Biopieces.mktmpdir
  43 in_file  = File.join(tmp_dir, "in.fna")
  44 in1_file = File.join(tmp_dir, "in1.fna")
  45 in2_file = File.join(tmp_dir, "in2.fna")
  46 out_file = File.join(tmp_dir, "out.sam")
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   if options[:type] == "single"
  50     Fasta.open(in_file, 'w') do |fasta_io|
  51       input.each_record do |record|
  52         output.puts record
  53
  54         if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  55           fasta_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  56         end
  57       end
  58     end
  59   else
  60     Fasta.open(in1_file, 'w') do |fasta1_io|
  61       Fasta.open(in2_file, 'w') do |fasta2_io|
  62         input.each_record do |record|
  63           output.puts record
  64
  65           if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  66             case record[:SEQ_NAME]
  67             when /\/1$/ then fasta1_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  68             when / 1:/  then fasta1_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  69             when /\/2$/ then fasta2_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  70             when / 2:/  then fasta2_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  71             else
  72               raise "Error: could not identify paired read in: #{record[:SEQ_NAME]}"
  73             end
  74           end
  75         end
  76       end
  77     end
  78   end
  79
  80   cmd = []
  81   cmd << "bowtie2"
  82   cmd << "-f"
  83   cmd << "--quiet" unless options[:verbose]
  84   cmd << "--threads #{options[:cpus]}"
  85   cmd << "-x #{options[:index_name]}"
  86
  87   if options[:type] == "single"
  88     cmd << "-U #{in_file}"
  89   else
  90     cmd << "-1 #{in1_file}"
  91     cmd << "-2 #{in2_file}"
  92   end
  93
  94   cmd << "-S #{out_file}"
  95
  96   c = cmd.join(" ")
  97
  98   $stderr.puts c if options[:verbose]
  99
 100   system(c)
 101
 102   raise "Error: executing #{c}" unless $?.success?
 103
 104   Sam.open(out_file, 'r') do |sam_io|
 105     sam_io.each do |entry|
 106       output.puts Sam.to_bp(entry)
 107     end
 108   end
 109 end
 110
 111
 112 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 113
 114
 115 __END__