bp_bin/biostat

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Monitor status running Biopieces.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $allowed, @files, $file, $user, $pid, $script, $info, $time0, $time1, $args, $du, @table );
  40
  41 $allowed = "USER,PID,%CPU,%MEM,TMP_DIR,START_TIME,RUN_TIME,COMMAND";
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'time', short => 't', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 5,      allowed => undef,    disallowed => 0 },
  46         { long => 'sort', short => 's', type => 'string', mandatory => 'no', default => '%CPU', allowed => $allowed, disallowed => undef },
  47         { long => 'user', short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef,    disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 while ( 1 )
  52 {
  53     system( "clear" );
  54
  55     undef @table;
  56
  57     @files = Maasha::Filesys::ls_files( $ENV{ 'BP_TMP' } );
  58     @files = grep /\.status$/, @files;
  59
  60     if ( $options->{ 'user' } ) {
  61         @files = grep /$options->{ 'user' }/, @files;
  62     }
  63
  64     foreach $file ( @files )
  65     {
  66         ( $user, $script, $pid ) = split /\./, $file;
  67
  68         if ( $info = process_info_mac( $pid ) )
  69         {
  70             ( $time0, $args, $du ) = get_status_info( $file );
  71
  72             $info->{ 'START_TIME' } = $time0;
  73             $info->{ 'RUN_TIME' }   = Maasha::Common::time_stamp_diff( $time0, Maasha::Common::time_stamp() );
  74             $info->{ 'TMP_DIR' }    = $du || "N/A";
  75             $info->{ 'COMMAND' }    = "$script $args";
  76
  77             push @table, $info;
  78         }
  79     }
  80
  81     if ( $options->{ 'sort' } =~ /^(USER|TMP_DIR|START_TIME|RUN_TIME|COMMAND)$/ ) {
  82         @table = sort { $a->{ $options->{ 'sort' } } cmp $b->{ $options->{ 'sort' } } } @table;
  83     } else {
  84         @table = sort { $a->{ $options->{ 'sort' } } <=> $b->{ $options->{ 'sort' } } } @table;
  85     }
  86
  87     print join( "\t", 'USER', 'PID', '%CPU', '%MEM', 'TMP_DIR', 'START_TIME           ', 'RUN_TIME', 'COMMAND' ), "\n";
  88     print join( "\t", $_->{ 'USER' }, $_->{ 'PID' }, $_->{ '%CPU' }, $_->{ '%MEM' }, $_->{ 'TMP_DIR' }, $_->{ 'START_TIME' }, $_->{ 'RUN_TIME' }, $_->{ 'COMMAND' } ), "\n" foreach @table;
  89
  90     sleep $options->{ 'time' };
  91 }
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 sub process_info_mac
  98 {
  99     # Martin A. Hansen, June 2009.
 100
 101     # Get process info for a given process given a PID by
 102     # calling ps aux on a Mac.
 103
 104     # ps aux:
 105     # USER       PID %CPU %MEM      VSZ    RSS   TT  STAT STARTED      TIME COMMAND
 106
 107     my ( $pid,   # process id
 108        ) = @_;
 109
 110     # Returns a hashref
 111
 112     my ( @processes, $process, @fields, %info_hash, $hour, $min, $ampm );
 113
 114     @processes = `ps aux`;
 115
 116     shift @processes;
 117
 118     foreach $process ( @processes )
 119     {
 120         @fields = split " ", $process;
 121
 122         if ( $fields[ 1 ] == $pid )
 123         {
 124             %info_hash = (
 125                 "USER"    => $fields[ 0 ],
 126                 "PID"     => $fields[ 1 ],
 127                 "%CPU"    => $fields[ 2 ],
 128                 "%MEM"    => $fields[ 3 ],
 129                 "VSZ"     => $fields[ 4 ],
 130                 "RSS"     => $fields[ 5 ],
 131                 "TT"      => $fields[ 6 ],
 132                 "STAT"    => $fields[ 7 ],
 133                 "STARTED" => $fields[ 8 ],
 134                 "TIME"    => $fields[ 9 ],
 135                 "COMMAND" => $fields[ 10 ],
 136             );
 137
 138             if ( $info_hash{ 'STARTED' } =~ /^(\d+):(\d+)(AM|PM)$/ )
 139             {
 140                 $hour = $1;
 141                 $min  = $2;
 142                 $ampm = $3;
 143
 144                 if ( $ampm eq "PM" ) {
 145                     $hour += 12;
 146                 }
 147
 148                 $info_hash{ 'STARTED' } = "$hour:$min";
 149             }
 150
 151             return wantarray ? %info_hash : \%info_hash;
 152         }
 153     }
 154
 155     return;
 156 }
 157
 158
 159 sub get_status_info
 160 {
 161     my ( $file,   #
 162        ) = @_;
 163
 164     my ( $fh, $line, $time, $args, $tmp_dir, $du );
 165
 166     if (-e $file)
 167     {
 168         $fh = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
 169         flock($fh, 1);
 170         $line = <$fh>;
 171         close $fh;
 172     }
 173
 174     chomp $line;
 175
 176     ( $time, $args, $tmp_dir ) = split ";", $line;
 177
 178     if ( $tmp_dir and -d $tmp_dir )
 179     {
 180         $du = `du -sh $tmp_dir`;
 181
 182         chomp $du;
 183
 184         $du =~ s/\s.*//;
 185     }
 186
 187     return wantarray ? ( $time, $args, $du ) : [ $time, $args, $du ];
 188 }
 189
 190
 191 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 192
 193
 194 BEGIN
 195 {
 196     Maasha::Biopieces::status_set();
 197 }
 198
 199
 200 END
 201 {
 202     Maasha::Biopieces::status_log();
 203 }
 204
 205
 206 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 207
 208
 209 __END__