bp_bin/bioscript

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Enable Perl scripting on the data stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces qw( get_record put_record );
  32 use Data::Dumper;
  33 use Maasha::Common;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $r );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'eval', short => 'e', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 print STDERR "eval: $options->{ 'eval' }\n" if $options->{ 'verbose' };
  51
  52 eval "no strict; $options->{ 'eval' }";
  53
  54 Maasha::Common::error( qq(Eval of "$options->{ 'eval' }" failed) ) if $@;
  55
  56
  57 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  58 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  59
  60
  61 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  62
  63
  64 BEGIN
  65 {
  66     Maasha::Biopieces::status_set();
  67 }
  68
  69
  70 END
  71 {
  72     Maasha::Biopieces::status_log();
  73 }
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 __END__