bp_bin/assemble_tag_contigs

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Assemble tag contigs from overlapping BED type records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::UCSC::BED;
  34
  35 use constant {
  36     chrom       => 0,   # BED field names
  37     chromStart  => 1,
  38     chromEnd    => 2,
  39     name        => 3,
  40     score       => 4,
  41     strand      => 5,
  42     thickStart  => 6,
  43     thickEnd    => 7,
  44     itemRgb     => 8,
  45     blockCount  => 9,
  46     blockSizes  => 10,
  47     blockStarts => 11,
  48 };
  49
  50
  51 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  52
  53
  54 my ( $options, $in, $out, $tmp_dir, $fh_in, $fh_out, $cols, $record, $bed_entry, %fh_hash, %file_hash, $file, $strand, $id, $tag_file, $bed_file );
  55
  56 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  57     [
  58         { long => 'check', short => 'C', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  59     ]
  60 );
  61
  62 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  63 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  64
  65 `cd "$ENV{ BP_C }/Maasha/src" && make`; # FIXME OMG this is crufty!
  66
  67 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  68
  69 $cols = 6; # we only need the first 6 BED columns
  70
  71 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  72 {
  73     if ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::biopiece2bed( $record, $cols ) )
  74     {
  75         if ( not exists $fh_hash{ $bed_entry->[ chrom ] . $bed_entry->[ strand ] } )
  76         {
  77             $file = "$tmp_dir/$bed_entry->[ chrom ]$bed_entry->[ strand ]";
  78
  79             $file_hash{ $bed_entry->[ chrom ] . $bed_entry->[ strand ] } = $file;
  80             $fh_hash{   $bed_entry->[ chrom ] . $bed_entry->[ strand ] } = Maasha::Filesys::file_write_open( $file );
  81         }
  82
  83         $fh_out = $fh_hash{ $bed_entry->[ chrom ] . $bed_entry->[ strand ] };
  84
  85         Maasha::UCSC::BED::bed_entry_put( $bed_entry, $fh_out, $cols, $options->{ 'check' } );
  86     }
  87 }
  88
  89 $id = 0;
  90
  91 foreach $file ( sort keys %file_hash )
  92 {
  93     $bed_file = $file_hash{ $file };
  94     $tag_file = "$bed_file.tc";
  95
  96     $strand = substr $file, -1, 1;
  97
  98     Maasha::Common::run( "bed2tag_contigs", "< $bed_file > $tag_file" );
  99
 100     $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tag_file );
 101
 102     while ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::bed_entry_get( $fh_in, $cols, $options->{ 'check' } ) )
 103     {
 104         $bed_entry->[ name ]   = sprintf( "TC%08d", $id );
 105         $bed_entry->[ strand ] = $strand;
 106
 107         if ( $record = Maasha::UCSC::BED::bed2biopiece( $bed_entry ) ) {
 108             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 109         }
 110
 111         $id++;
 112     }
 113
 114     close $fh_in;
 115
 116     unlink $bed_file;
 117     unlink $tag_file;
 118 }
 119
 120 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 121 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 BEGIN
 128 {
 129     Maasha::Biopieces::status_set();
 130 }
 131
 132
 133 END
 134 {
 135     Maasha::Biopieces::status_log();
 136 }
 137
 138
 139 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 140
 141
 142 __END__