bp_bin/assemble_seq_idba

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble sequences in the stream using IDBA-UD.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'directory',  :short=>'d', :type=>'dir',  :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'kmer_min',   :short=>'k', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>20,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'kmer_max',   :short=>'K', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>100, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'count_min',  :short=>'c', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>2,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'pairs_min',  :short=>'p', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>3,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'prefix_len', :short=>'P', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>3,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'cpus',       :short=>'C', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>0,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'clean',      :short=>'X', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  43
  44 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  45
  46 Dir.mkdir(options[:directory]) unless Dir.exists?(options[:directory])
  47
  48 file_fasta = File.join(options[:directory], "IDBA-UD") + ".fna"
  49
  50 count = 0
  51
  52 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  53         Fasta.open(file_fasta, "w") do |fasta_io|
  54                 input.each_record do |record|
  55       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  56         seq = Seq.new_bp(record)
  57
  58         fasta_io.puts seq.to_fasta
  59       end
  60                 end
  61         end
  62
  63         unless File.size(file_fasta) == 0
  64                 prefix = File.join(options[:directory], "IDBA-UD")
  65
  66                 commands = []
  67                 commands << "nice -n 19"
  68                 commands << "idba_ud"
  69                 commands << "--read #{file_fasta}"
  70                 commands << "--out #{prefix}"
  71                 commands << "--mink #{options[:kmer_min]}"
  72                 commands << "--maxk #{options[:kmer_max]}"
  73                 commands << "--min_count #{options[:count_min]}"
  74                 commands << "--min_pairs #{options[:pairs_min]}"
  75                 commands << "--prefix #{options[:prefix_len]}"
  76                 commands << "--num_threads #{options[:cpus]}"
  77                 commands << "> /dev/null 2>&1" unless options[:verbose]
  78
  79                 command = commands.join(" ")
  80
  81           system(command)
  82           raise "Command failed: #{command}" unless $?.success?
  83
  84     file_contig = File.join(options[:directory], "IDBA-UD", "contig.fa")
  85
  86                 Fasta.open(file_contig, mode="r") do |fasta_io|
  87                         fasta_io.each do |entry|
  88                                 output.puts entry.to_bp
  89                         end
  90                 end
  91         end
  92 end
  93
  94 FileUtils.remove_entry_secure file_fasta
  95 FileUtils.remove_entry_secure options[:directory] if options[:clean]
  96
  97
  98 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  99
 100
 101 __END__