bp_bin/assemble_pairs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble ordered overlapping pair-end sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33 require 'pp'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'overlap', :short=>'o', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>1, :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 tmpdir   = Biopieces.mktmpdir
  41 file_in1 = File.join(tmpdir, "in1.fq")
  42 file_in2 = File.join(tmpdir, "in2.fq")
  43 file_out = File.join(tmpdir, "out.fq")
  44
  45 io_in1 = Fastq.open(file_in1, 'w')
  46 io_in2 = Fastq.open(file_in2, 'w')
  47
  48 name1  = ""
  49 name2  = ""
  50 entry1 = ""
  51 entry2 = ""
  52
  53 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  54   input.each_record do |record|
  55     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SCORES]
  56       entry = Seq.new_bp(record)
  57
  58       case entry.seq_name
  59       when /^(.+)\/(\d)$/   # Illumina 1.5
  60         name = $1
  61         pair = $2.to_i
  62         type = 15
  63       when /^(.+) (\d):/    # Illumina 1.8
  64         name = $1
  65         pair = $2.to_i
  66         type = 18
  67       else
  68         $stderr.puts "WARNING: Unmatched sequence name: #{entry.seq_name}"
  69       end
  70
  71       if pair == 1
  72         name1  = name.dup
  73         entry1 = entry.dup
  74       else
  75         name2  = name.dup
  76         entry2 = entry.dup
  77       end
  78
  79       if name1 != nil and name1 == name2
  80         io_in1.puts entry1.to_fastq
  81         io_in2.puts entry2.to_fastq
  82       end
  83     end
  84   end
  85
  86   io_in1.close
  87   io_in2.close
  88
  89   cmd = "pandaseq"
  90   cmd << " -F"
  91   cmd << " -B"
  92   cmd << " -N"
  93   cmd << " -o #{options[:overlap]}"
  94   cmd << " -f #{file_in1}"
  95   cmd << " -r #{file_in2}"
  96   cmd << " > #{file_out}"
  97   cmd << " 2> /dev/null" unless options[:verbose]
  98
  99   $stderr.puts cmd if options[:verbose]
 100
 101   system(cmd)
 102
 103   raise RunTimeError "Error: command failed: #{cmd}" unless $?.success?
 104
 105   Fastq.open(file_out) do |ios|
 106     ios.each do |entry|
 107       output.puts entry.to_bp
 108     end
 109   end
 110 end
 111
 112
 113 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 114
 115
 116 __END__