bp_bin/assemble_pairs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble ordered overlapping pair-end sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/seq'
  33 require 'maasha/seq/assemble'
  34 require 'pp'
  35
  36 def names_match(entry1, entry2)
  37   if entry1.seq_name =~ /^([^ ]+) \d:/
  38     name1 = $1
  39   elsif entry1.seq_name =~ /^(.+)\/\d$/
  40     name1 = $1
  41   else
  42     raise "Could not match sequence name: #{entry1.seq_name}"
  43   end
  44
  45   if entry2.seq_name =~ /^([^ ]+) \d:/
  46     name2 = $1
  47   elsif entry2.seq_name =~ /^(.+)\/\d$/
  48     name2 = $1
  49   else
  50     raise "Could not match sequence name: #{entry2.seq_name}"
  51   end
  52
  53   name1 == name2
  54 end
  55
  56 casts = []
  57 casts << {:long=>'mismatches',  :short=>'m', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>5,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  58 casts << {:long=>'overlap_min', :short=>'o', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>1,   :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  59 casts << {:long=>'overlap_max', :short=>'p', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  60
  61 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  62
  63 entry1 = nil
  64 entry2 = nil
  65
  66 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  67   input.each_record do |record|
  68     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SCORES]
  69       if entry1.nil?
  70         entry1 = Seq.new_bp(record)
  71       elsif entry2.nil?
  72         entry2 = Seq.new_bp(record)
  73       end
  74
  75       if entry1 and
  76          entry2 and
  77          entry1.length >= options[:overlap_min] and
  78          entry2.length >= options[:overlap_min]
  79
  80         if names_match(entry1, entry2)
  81           entry2.type = :dna
  82           entry2.reverse!.complement!
  83
  84           merged = Assemble.pair(
  85             entry1,
  86             entry2,
  87             mismatches_max:options[:mismatches],
  88             overlap_min:options[:overlap_min],
  89             overlap_max:options[:overlap_max]
  90           )
  91
  92           if merged
  93             new_record = merged.to_bp
  94
  95             if merged.seq_name =~ /overlap=(\d+)$/
  96               new_record[:OVERLAP_LEN] = $1
  97             end
  98
  99             output.puts new_record
 100           end
 101         else
 102           raise "name mismatch: #{entry1.seq_name} != #{entry2.seq_name}"
 103         end
 104
 105         entry1 = nil
 106         entry2 = nil
 107       end
 108     else
 109       output.puts record
 110     end
 111   end
 112 end
 113
 114
 115 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 116
 117
 118 __END__