bp_bin/assemble_pairs2

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble ordered overlapping pair-end sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 #require 'profile'
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/seq'
  34 require 'maasha/seq/assemble'
  35 require 'pp'
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'mismatches',  :short=>'m', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>5,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'overlap_min', :short=>'o', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  40 casts << {:long=>'overlap_max', :short=>'p', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  41
  42 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  43
  44 entry1 = nil
  45 entry2 = nil
  46
  47 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  48   input.each_record do |record|
  49     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SCORES]
  50       if entry1.nil?
  51         entry1 = Seq.new_bp(record)
  52       elsif entry2.nil?
  53         entry2 = Seq.new_bp(record)
  54       end
  55
  56       if entry1 and
  57          entry2 and
  58          entry1.length >= options[:overlap_min] and
  59          entry2.length >= options[:overlap_min]
  60         entry2.type = :dna
  61         entry2.reverse!.complement!
  62
  63         merged = Assemble.pair(
  64           entry1,
  65           entry2,
  66           mismatches_max:options[:mismatches],
  67           overlap_min:options[:overlap_min],
  68           overlap_max:options[:overlap_max]
  69         )
  70
  71         if merged
  72           new_record = merged.to_bp
  73
  74           if merged.seq_name =~ /overlap=(\d+):hamming=(\d+)$/
  75             new_record[:OVERLAP_LEN]  = $1
  76             new_record[:HAMMING_DIST] = $2
  77           end
  78
  79           output.puts new_record
  80         end
  81
  82         entry1 = nil
  83         entry2 = nil
  84       end
  85     else
  86       output.puts record
  87     end
  88   end
  89 end
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 __END__