bp_bin/analyze_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Determine type, count, min, max, sum and mean for values in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Calc;
  32 use Data::Dumper;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $analysis, $key, $len,
  39      %key_hash, $skip, $keys, $types, $counts, $mins, $maxs, $sums, $means );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 map { $key_hash{ $_ } = 1; $skip = 1 } @{ $options->{ "keys" } };
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  54 {
  55     foreach $key ( keys %{ $record } )
  56     {
  57         next if $skip and not exists $key_hash{ $key };
  58
  59         if ( Maasha::Calc::is_a_number( $record->{ $key } ) )
  60         {
  61             if ( not exists $analysis->{ $key } )
  62             {
  63                 $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = $record->{ $key };
  64                 $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = $record->{ $key };
  65             }
  66
  67             $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = Maasha::Calc::max( $analysis->{ $key }->{ "MAX" }, $record->{ $key } );
  68             $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = Maasha::Calc::min( $analysis->{ $key }->{ "MIN" }, $record->{ $key } );
  69
  70             $analysis->{ $key }->{ "TYPE" } = "num";
  71             $analysis->{ $key }->{ "SUM" } += $record->{ $key };
  72         }
  73         else
  74         {
  75             $len = length $record->{ $key };
  76
  77             if ( not exists $analysis->{ $key } )
  78             {
  79                 $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = $len;
  80                 $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = $len;
  81             }
  82
  83             $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = Maasha::Calc::max( $analysis->{ $key }->{ "MAX" }, $len );
  84             $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = Maasha::Calc::min( $analysis->{ $key }->{ "MIN" }, $len );
  85
  86             $analysis->{ $key }->{ "TYPE" } = "alph";
  87             $analysis->{ $key }->{ "SUM" } += $len;
  88         }
  89
  90         $analysis->{ $key }->{ "COUNT" }++;
  91     }
  92
  93     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  94 }
  95
  96 foreach $key ( keys %{ $analysis } )
  97 {
  98     $analysis->{ $key }->{ "MEAN" } = sprintf "%.2f", $analysis->{ $key }->{ "SUM" } / $analysis->{ $key }->{ "COUNT" };
  99     $analysis->{ $key }->{ "SUM" }  = sprintf "%.2f", $analysis->{ $key }->{ "SUM" };
 100 }
 101
 102 $keys   = "KEY  ";
 103 $types  = "TYPE ";
 104 $counts = "COUNT";
 105 $mins   = "MIN  ";
 106 $maxs   = "MAX  ";
 107 $sums   = "SUM  ";
 108 $means  = "MEAN ";
 109
 110 foreach $key ( keys %{ $analysis } )
 111 {
 112     $keys   .= sprintf "% 15s", $key;
 113     $types  .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "TYPE" };
 114     $counts .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "COUNT" };
 115     $mins   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MIN" };
 116     $maxs   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MAX" };
 117     $sums   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "SUM" };
 118     $means  .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MEAN" };
 119 }
 120
 121 print "$keys\n";
 122 print "$types\n";
 123 print "$counts\n";
 124 print "$mins\n";
 125 print "$maxs\n";
 126 print "$sums\n";
 127 print "$means\n";
 128
 129 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 130 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 131
 132
 133 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 134
 135
 136 BEGIN
 137 {
 138     Maasha::Biopieces::status_set();
 139 }
 140
 141
 142 END
 143 {
 144     Maasha::Biopieces::status_log();
 145 }
 146
 147
 148 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 149
 150
 151 __END__