bp_bin/analyze_vals

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Determine basic stats for records in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32
  33 casts = []
  34 casts << {long: 'keys',      short: 'k', type: 'list', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  35 casts << {long: 'no_keys',   short: 'K', type: 'list', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  36 casts << {long: 'no_stream', short: 'x', type: 'flag', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  37 casts << {long: 'data_out',  short: 'o', type: 'file', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  38
  39 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  40
  41 stats = Hash.new { |h, k| h[k] = {} }
  42
  43 def to_number(value)
  44   begin num = Integer(value)
  45     return num
  46   rescue
  47     begin num = Float(value)
  48       return num
  49     rescue
  50     end
  51   end
  52 end
  53
  54 def min(value1, value2)
  55   return value2 unless value1
  56   [value1, value2].min
  57 end
  58
  59 def max(value1, value2)
  60   return value2 unless value1
  61   [value1, value2].max
  62 end
  63
  64 keys    = options[:keys].map { |k| k.to_sym }                                  if options[:keys]
  65 no_keys = options[:no_keys].each_with_object({}) { |i, h| h[i.to_sym] = true } if options[:no_keys]
  66 get_keys = nil
  67
  68 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  69   input.each do |record|
  70     unless get_keys
  71       get_keys = keys || record.keys
  72       get_keys.reject! { |k| no_keys[k] } if no_keys
  73     end
  74
  75     get_keys.each do |key|
  76       key = key.to_sym
  77       value = record[key]
  78
  79       stats[key][:sum]   ||= 0
  80       stats[key][:count] ||= 0
  81
  82       if num = to_number(value)
  83         stats[key][:min]   = min(stats[key][:min], num)
  84         stats[key][:max]   = max(stats[key][:max], num)
  85         stats[key][:type]  = :numeric
  86         stats[key][:sum]  += num
  87       else
  88         stats[key][:min]   = min(stats[key][:min], value.length)
  89         stats[key][:max]   = max(stats[key][:max], value.length)
  90         stats[key][:type]  = :alphabetic
  91         stats[key][:sum]  += value.length
  92       end
  93
  94       stats[key][:count] += 1
  95     end
  96
  97     output.puts record unless options[:no_stream]
  98   end
  99
 100   if options[:data_out]
 101     data_out = File.open(options[:data_out], 'w')
 102   end
 103
 104   stats.each do |key, value|
 105     stat_record = {
 106       :KEY   => key,
 107       :TYPE  => value[:type].to_s.capitalize,
 108       :COUNT => value[:count],
 109       :MIN   => value[:min].is_a?(Float) ? "%0.2f" % value[:min] : value[:min],
 110       :MAX   => value[:max].is_a?(Float) ? "%0.2f" % value[:max] : value[:max],
 111       :SUM   => value[:sum].is_a?(Float) ? "%0.2f" % value[:sum] : value[:sum],
 112       :MEAN  => "%0.2f" % (value[:sum] / value[:count].to_f)
 113     }
 114
 115     if options[:data_out]
 116       data_out.puts stat_record
 117     else
 118       output.puts stat_record
 119     end
 120   end
 121 end
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 __END__