bp_bin/analyze_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Determine type, count, min, max, sum and mean for values in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Calc;
  33 use Data::Dumper;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $analysis, $key, $len, %skip_hash, $data_out,
  40      %key_hash, $skip, $keys, $types, $counts, $mins, $maxs, $sums, $means );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'no_keys',   short => 'K', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  55 $data_out ||= \*STDOUT;
  56
  57 map { $skip_hash{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "no_keys" } };
  58 map { $key_hash{ $_ } = 1; $skip = 1 } @{ $options->{ "keys" } };
  59
  60 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  61 {
  62     foreach $key ( keys %{ $record } )
  63     {
  64         next if $skip and not exists $key_hash{ $key };
  65         next if $skip_hash{ $key };
  66
  67         if ( Maasha::Calc::is_a_number( $record->{ $key } ) )
  68         {
  69             if ( not exists $analysis->{ $key } )
  70             {
  71                 $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = $record->{ $key };
  72                 $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = $record->{ $key };
  73             }
  74
  75             $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = Maasha::Calc::max( $analysis->{ $key }->{ "MAX" }, $record->{ $key } );
  76             $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = Maasha::Calc::min( $analysis->{ $key }->{ "MIN" }, $record->{ $key } );
  77
  78             $analysis->{ $key }->{ "TYPE" } = "num";
  79             $analysis->{ $key }->{ "SUM" } += $record->{ $key };
  80         }
  81         else
  82         {
  83             $len = length $record->{ $key };
  84
  85             if ( not exists $analysis->{ $key } )
  86             {
  87                 $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = $len;
  88                 $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = $len;
  89             }
  90
  91             $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = Maasha::Calc::max( $analysis->{ $key }->{ "MAX" }, $len );
  92             $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = Maasha::Calc::min( $analysis->{ $key }->{ "MIN" }, $len );
  93
  94             $analysis->{ $key }->{ "TYPE" } = "alph";
  95             $analysis->{ $key }->{ "SUM" } += $len;
  96         }
  97
  98         $analysis->{ $key }->{ "COUNT" }++;
  99     }
 100
 101     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
 102 }
 103
 104 foreach $key ( keys %{ $analysis } )
 105 {
 106     $analysis->{ $key }->{ "MEAN" } = sprintf "%.2f", $analysis->{ $key }->{ "SUM" } / $analysis->{ $key }->{ "COUNT" };
 107     $analysis->{ $key }->{ "SUM" }  = sprintf "%.2f", $analysis->{ $key }->{ "SUM" };
 108 }
 109
 110 $keys   = "KEY  ";
 111 $types  = "TYPE ";
 112 $counts = "COUNT";
 113 $mins   = "MIN  ";
 114 $maxs   = "MAX  ";
 115 $sums   = "SUM  ";
 116 $means  = "MEAN ";
 117
 118 foreach $key ( sort keys %{ $analysis } )
 119 {
 120     $keys   .= sprintf "% 15s", $key;
 121     $types  .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "TYPE" };
 122     $counts .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "COUNT" };
 123     $mins   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MIN" };
 124     $maxs   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MAX" };
 125     $sums   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "SUM" };
 126     $means  .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MEAN" };
 127 }
 128
 129 print $data_out "$keys\n";
 130 print $data_out "$types\n";
 131 print $data_out "$counts\n";
 132 print $data_out "$mins\n";
 133 print $data_out "$maxs\n";
 134 print $data_out "$sums\n";
 135 print $data_out "$means\n";
 136
 137 close $data_out;
 138
 139 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 140 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 141
 142
 143 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 144
 145
 146 BEGIN
 147 {
 148     Maasha::Biopieces::status_set();
 149 }
 150
 151
 152 END
 153 {
 154     Maasha::Biopieces::status_log();
 155 }
 156
 157
 158 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 159
 160
 161 __END__