bp_bin/analyze_tags

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Analyze sequence tags in sequence or BED records from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Seq;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, %len_hash, %clone_hash, $clones, $key, $tag_record );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  43
  44 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  45 {
  46     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  47     {
  48         if ( $record->{ "SEQ_NAME" } =~ /_(\d+)$/ )
  49         {
  50             $clones = $1;
  51
  52             $len_hash{ length( $record->{ "SEQ" } ) }++;
  53             $clone_hash{ length( $record->{ "SEQ" } ) } += $clones;
  54         }
  55     }
  56     elsif ( $record->{ "Q_ID" } and $record->{ "BED_LEN" } )
  57     {
  58         if ( $record->{ "Q_ID" } =~ /_(\d+)$/ )
  59         {
  60             $clones = $1;
  61
  62             $len_hash{ $record->{ "BED_LEN" } }++;
  63             $clone_hash{ $record->{ "BED_LEN" } } += $clones;
  64         }
  65     }
  66 }
  67
  68 foreach $key ( sort { $a <=> $b } keys %len_hash )
  69 {
  70     $tag_record->{ "TAG_LEN" }    = $key;
  71     $tag_record->{ "TAG_COUNT" }  = $len_hash{ $key };
  72     $tag_record->{ "TAG_CLONES" } = $clone_hash{ $key };
  73
  74     Maasha::Biopieces::put_record( $tag_record, $out );
  75 }
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 BEGIN
  82 {
  83     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  84
  85     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  86 }
  87
  88
  89 END
  90 {
  91     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  92     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  93
  94     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  95
  96     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  97 }
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 __END__
 104