bp_bin/analyze_snp

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24
  25 # Analyze mismatches and indels from ALIGN descriptors in the stream.
  26
  27
  28 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  29
  30
  31 use warnings;
  32 use strict;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Data::Dumper;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, @aligns, $align, $offset, $src, $dst, $data, $s_id, $pos, $count, $new_record );
  41
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'min', short => 'm', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 1, allowed => undef, disallowed => '0' },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $data = {};
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     if ( exists $record->{ 'ALIGN' } )
  57     {
  58         @aligns = split /,/, $record->{ 'ALIGN' };
  59
  60         foreach $align ( @aligns )
  61         {
  62             if ( $align =~ /(\d+):([ATCGN-])>([ATCGN-])/ )
  63             {
  64                 $offset = $1;
  65                 $src    = $2;
  66                 $dst    = $3;
  67
  68                 $data->{ $record->{ 'S_ID' } }->{ $record->{ 'S_BEG' } + $offset }->{ $src }->{ $dst }++;
  69             }
  70         }
  71     }
  72
  73     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  74 }
  75
  76 foreach $s_id ( sort keys %{ $data } )
  77 {
  78     foreach $pos ( sort { $a <=> $b } keys %{ $data->{ $s_id } } )
  79     {
  80         foreach $src ( sort keys %{ $data->{ $s_id }->{ $pos } } )
  81         {
  82             foreach $dst ( sort keys %{ $data->{ $s_id }->{ $pos }->{ $src } } )
  83             {
  84                 $count = $data->{ $s_id }->{ $pos }->{ $src }->{ $dst };
  85
  86                 if ( $count >= $options->{ 'min' } )
  87                 {
  88                     $new_record->{ 'REC_TYPE' }  = "SNP";
  89                     $new_record->{ 'S_ID' }      = $s_id;
  90                     $new_record->{ 'S_POS' }     = $pos;
  91                     $new_record->{ 'SRC' }       = $src;
  92                     $new_record->{ 'DST' }       = $dst;
  93                     $new_record->{ 'SNP_COUNT' } = $count;
  94
  95                     if ( $src eq '-' ) {
  96                         $new_record->{ 'TYPE' } = "INSERTION";
  97                     } elsif ( $dst eq '-' ) {
  98                         $new_record->{ 'TYPE' } = "DELETION";
  99                     } else {
 100                         $new_record->{ 'TYPE' } = "MISMATCH";
 101                     }
 102
 103                     Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
 104                 }
 105             }
 106         }
 107     }
 108 }
 109
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 111 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 BEGIN
 118 {
 119     Maasha::Biopieces::status_set();
 120 }
 121
 122
 123 END
 124 {
 125     Maasha::Biopieces::status_log();
 126 }
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 __END__