bp_bin/analyze_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Analyze sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/seq'
  34 require 'pp'
  35
  36 casts = []
  37
  38 bp = Biopieces.new
  39
  40 options = bp.parse(ARGV, casts)
  41
  42 bp.each_record do |record|
  43   if record.has_key? :SEQ
  44     seq  = Seq.new(record[:SEQ_NAME], record[:SEQ], record[:SEQ_TYPE], record[:SCORE])
  45     comp = seq.composition
  46
  47     comp.each_pair do |key,val|
  48       record["RES[#{key}]"] = val
  49     end
  50
  51     record["SOFT_MASK%"] = seq.soft_mask
  52     record["HARD_MASK%"] = (comp["N"].to_f / (seq.len - seq.indels).to_f * 100.0).round(2)
  53     record["GC%"]        = ((comp["G"] + comp["C"]).to_f / (seq.len - seq.indels).to_f * 100.0).round(2)
  54   end
  55
  56   bp.puts record
  57 end
  58
  59
  60
  61 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  62
  63
  64 __END__