bp_bin/analyze_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24
  25 # Analyze BED entries in the stream.
  26
  27 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  28
  29
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Seq;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $analysis );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  41
  42 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  43 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  44
  45 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  46 {
  47     if ( $record->{ "SEQ" } )
  48     {
  49         $analysis = Maasha::Seq::seq_analyze( $record->{ "SEQ" } );
  50
  51         map { $record->{ $_ } = $analysis->{ $_ } } keys %{ $analysis };
  52     }
  53
  54     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  55 }
  56
  57
  58 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  59
  60
  61 BEGIN
  62 {
  63     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  64
  65     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  66 }
  67
  68
  69 END
  70 {
  71     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  72     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  73
  74     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  75
  76     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  77 }
  78
  79
  80 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  81
  82
  83 __END__
  84