bp_bin/analyze_gc

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24
  25 # Analyze GC content in sequences in the stream.
  26
  27
  28 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  29
  30
  31 use warnings;
  32 use strict;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $gc_count, $gc_percent );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  42
  43 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  44 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  45
  46 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  47 {
  48     if ( $record->{ "SEQ" } )
  49     {
  50         $gc_count   = $record->{ "SEQ" } =~ tr/GgCc//;
  51         $gc_percent =  ( $gc_count / length $record->{ "SEQ" } ) * 100;
  52         $record->{ 'GC%' } = sprintf( "%.2f", $gc_percent );
  53 #        $record->{ 'GC%' } = int $gc_percent;
  54     }
  55
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57 }
  58
  59 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  60 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  61
  62
  63 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  64
  65
  66 BEGIN
  67 {
  68     Maasha::Biopieces::status_set();
  69 }
  70
  71
  72 END
  73 {
  74     Maasha::Biopieces::status_log();
  75 }
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 __END__