bp_bin/analyze_assembly

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Analyze assembled sequences in the stream and output stats.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/fasta'
  34 require 'maasha/prodigal'
  35 require 'pp'
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'gene_cov',  :short=>'g', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,      :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'procedure', :short=>'p', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>'single', :allowed=>'single,meta', :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,      :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,      :allowed=>nil,           :disallowed=>nil}
  42
  43 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  44
  45 options[:full] = true;
  46
  47 total   = 0
  48 lengths = []
  49 tmpdir  = Biopieces.mktmpdir
  50 infile  = File.join(tmpdir, "in.fna")
  51 outfile = File.join(tmpdir, "out.prodigal")
  52
  53 Fasta.open(infile, "w") do |fasta_output|
  54   Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  55     input.each_record do |record|
  56       if record[:SEQ]
  57         seq = Seq.new_bp(record)
  58
  59         total   += record[:SEQ].length
  60         lengths << record[:SEQ].length
  61       end
  62
  63       output.puts record unless options[:no_stream]
  64       fasta_output.puts seq.to_fasta
  65     end
  66   end
  67 end
  68
  69 if options[:gene_cov]
  70   prodigal = Prodigal.new(infile, outfile, options)
  71   prodigal.run
  72   gene_cov = prodigal.coverage
  73 end
  74
  75 count = 0
  76 n50   = 0
  77
  78 lengths.sort.reverse.each do |length|
  79   count += length
  80
  81   if count >= total * 0.50
  82     n50 = length
  83     break
  84   end
  85 end
  86
  87 new_record = {}
  88 new_record[:N50]        = n50
  89 new_record[:MAX]        = lengths.max
  90 new_record[:MIN]        = lengths.min
  91 new_record[:MEAN]       = (total.to_f / lengths.size.to_f).to_i
  92 new_record[:TOTAL]      = total
  93 new_record[:COUNT]      = lengths.size
  94 new_record[:GENE_COV]   = gene_cov if options[:gene_cov]
  95
  96 Biopieces.open(nil, options[:data_out]) do |input, output|
  97   output.puts new_record
  98 end
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 __END__