bp_bin/align_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Align sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Align;
  33
  34 use constant {
  35     SEQ_NAME => 0,
  36     SEQ      => 1,
  37 };
  38
  39
  40 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  41
  42
  43 my ( $options, $in, $out, $record, @entries, $entry );
  44
  45 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  51 {
  52     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } ) {  # TODO use biopieces2fasta() instead
  53         push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  54     } elsif ( $record->{ "Q_ID" } and $record->{ "SEQ" } ) {
  55         push @entries, [ $record->{ "Q_ID" }, $record->{ "SEQ" } ];
  56     } else {
  57         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  58     }
  59 }
  60
  61 @entries = Maasha::Align::align( \@entries );
  62
  63 foreach $entry ( @entries )
  64 {
  65     if ( $entry->[ SEQ_NAME ] and $entry->[ SEQ ] )
  66     {
  67         $record = {
  68             SEQ_NAME => $entry->[ SEQ_NAME ],
  69             SEQ      => $entry->[ SEQ ],
  70             SEQ_LEN  => length $entry->[ SEQ ],
  71         };
  72
  73         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  74     }
  75 }
  76
  77 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 BEGIN
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_set();
  87 }
  88
  89
  90 END
  91 {
  92     Maasha::Biopieces::status_log();
  93 }
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__