bp_bin/BGB_read_track

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read Biopieces Genome Browser track into the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::BGB::Track;
  34 use Maasha::KISS;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $user, $options, $in, $out, $record, $entry, @contigs, $contig, @tracks, $track, $fh );
  41
  42 $user    = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BPB_USER" );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'user',     short => 'u', type => 'string', mandatory => 'yes', default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'clade',    short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'genome',   short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'assembly', short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'track',    short => 't', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  51     ]
  52 );
  53
  54 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  55 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  56
  57 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  58 {
  59     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  60 }
  61
  62 Maasha::Common::error( qq(Bad user: "$options->{ 'user' }") ) if not grep /^$options->{ 'user' }$/, Maasha::BGB::Track::list_users();
  63
  64 @contigs = Maasha::BGB::Track::list_contigs( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' } );
  65
  66 foreach $contig ( @contigs )
  67 {
  68     @tracks = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' }, $contig );
  69
  70     foreach $track ( @tracks )
  71     {
  72         if ( ( index $track, $options->{ 'track' } ) >= 0 )
  73         {
  74             $fh = Maasha::Filesys::file_read_open( "$track/track_data.kiss" );
  75
  76             while ( $entry = Maasha::KISS::kiss_entry_get( $fh ) )
  77             {
  78                 if ( $record = Maasha::KISS::kiss2biopiece( $entry ) ) {
  79                     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  80                 }
  81             }
  82
  83             close $fh;
  84         }
  85     }
  86 }
  87
  88 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  89 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 BEGIN
  96 {
  97     Maasha::Biopieces::status_set();
  98 }
  99
 100
 101 END
 102 {
 103     Maasha::Biopieces::status_log();
 104 }
 105
 106
 107 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 108
 109
 110 __END__