bp_bin/BGB_list

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # List all tracks availible in a local installation of the Biopieces Genome Browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::BGB::Track;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $user, $options, $in, $out, $record, $dir_hash, $clade, $genome, $assembly, $contig, $track );
  40
  41 $user    = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BPB_USER" );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'user', short => 'u', type => 'string', mandatory => 'yes', default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  53 {
  54     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  55 }
  56
  57 Maasha::Common::error( qq(Bad user: "$options->{ 'user' }") ) if not grep /^$options->{ 'user' }$/, Maasha::BGB::Track::list_users();
  58
  59 foreach $clade ( Maasha::BGB::Track::list_clades( $options->{ 'user' } ) )
  60 {
  61     foreach $genome ( Maasha::BGB::Track::list_genomes( $options->{ 'user' }, $clade ) )
  62     {
  63         foreach $assembly ( Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $options->{ 'user' }, $clade, $genome ) )
  64         {
  65             foreach $contig ( Maasha::BGB::Track::list_contigs( $options->{ 'user' }, $clade, $genome, $assembly ) )
  66             {
  67                 foreach $track ( Maasha::BGB::Track::list_tracks( $options->{ 'user' }, $clade, $genome, $assembly, $contig ) ) {
  68                     $dir_hash->{ $options->{ 'user' } }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 1;
  69                 }
  70             }
  71         }
  72     }
  73 }
  74
  75 foreach $clade ( keys %{ $dir_hash->{ $options->{ 'user' } } } )
  76 {
  77     foreach $genome ( keys %{ $dir_hash->{ $options->{ 'user' } }->{ $clade } } )
  78     {
  79         foreach $assembly ( keys %{ $dir_hash->{ $options->{ 'user' } }->{ $clade }->{ $genome } } )
  80         {
  81             foreach $track ( keys %{ $dir_hash->{ $options->{ 'user' } }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly } } )
  82             {
  83                 $record = {
  84                     USER     => $options->{ 'user' },
  85                     CLADE    => $clade,
  86                     GENOME   => $genome,
  87                     ASSEMBLY => $assembly,
  88                     TRACK    => $track,
  89                 };
  90
  91                 Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  92             }
  93         }
  94     }
  95 }
  96
  97
  98 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  99 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 100
 101
 102 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 103
 104
 105 BEGIN
 106 {
 107     Maasha::Biopieces::status_set();
 108 }
 109
 110
 111 END
 112 {
 113     Maasha::Biopieces::status_log();
 114 }
 115
 116
 117 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 118
 119
 120 __END__