added warning for duplicate @RG tag in header

fixed potential bug with previous commit

The previous commit made assumptions about the ordering of subtags
within @RG header lines.  This commit only assumes that the read group
ID is specified by "ID", thus following spec.

fixed bug with @RG handling

Prior to this commit files merged with bamtools merge would have one @RG
tag for each file.  This is undesirable behavior.  This commit fixes the
issue by tracking unique @RG tags in our unified header
(BamMultiReader::GetHeaderText) and prevents the MultiReader from
observing more than one @RG tag in the header.  Future merges will have
the correct header.

Merge branch 'master' of git://github.com/pezmaster31/bamtools

Removed accidental add of object files

Added GetNextAlignmentCore() to BamReader API as well as a corresponding SaveAlignment() in BamWriter. Both utilitze the BamAlignmentSupportData structure which contains the raw character data and lengths, and which has been bumped to BamAux.h.  Exposing these methods should allow for quicker read/writes for tools that are only concerned with alignment/positional data, not the actual sequences.

BamMultiReader data structure rewrite

Rewrite to improve performance of the MultiReader on large sets of
files.  Move tracking of readers, alignments, and positions from several
decoupled vectors into a single multimap, allowing rapid acquisition of
the lowest 'current' alignment among the set of open readers.  Expect
some performance boost when running the MultReader on large numbers of
files, as prior to this rewrite each alignment required roughly 3 x N
ops (where N is the number of files) checking all these vectors.

json output

Fixed output of tag types c & C. Removed atoi() call. Simply casting the single byte to int works correctly.

This fixes the out-of-range exception. Though there's still a discrepancy with some (but, maddeningly, not all) tags following a string tag. Will look into to more detail, but at least it shouldn't crash in the meantime

pass ostream variable to print functions in convert

Began rolling over bamtools_sam into bamtools_convert.  Kinda hacky setup for now, but ok to get conversion routines tested

Fixed typo in settings config.

Added ConvertTool.h/cpp. Not yet implemented.

Updated README

Added FilterTool.h/cpp. Not yet implemented.

Added a second Utilities::ParseRegionString() that accepts BamMultiReader

Cleaned up CountTool, by extending Utilities::ParseRegionString() to also do validation. Should be useful for other tools using REGION strings

Minor formatting/commenting fixes. No major changes to actual code paths

Implemented bamtools sam. Required new unpack methods in BGZF.h. Seems to pass all files tested, compared against samtools view  output

Removed a debug output statement that piggybacked into the last commit

Implemented CountTool, cleaned up MergeTool.

Put utilities into own class with static methods

Implemented Mosaik-style command line parser, instead of former GetOpt parser. Setup an AbstractTool base class for all subtools. Split tools into .h/.cpp pairs

Mostly cleaned up help & usage messages. Added MIT license.

Removed BamTrimMain.cpp. Missed that one in last commit, removing the old 'toy' examples

Removed BamConversionMain.cpp and BamDumpMain.cpp. No longer needed if toolkit available.

Removed bamtools_test from Makefile. Was a temporary, local test harness only

Reorganization of toolkit. Split subtools out to own headers. Added custom getopt functionality for subtools arguments.  Provided or extended rough implementations for most subtools.

Added templated GetTag() method, compile tested, but not runtime tested

Complete prior commit

In this commit, addition of verification that reference sequences
are identical among readers opened by the BamMultiReader.  Without this
check the behavior of the MultiReader is undefined.

bamtools executable

Merge a number of useful tools into a single executable.

Also in this commit, addition of verification that reference sequences
are identical among readers opened by the BamMultiReader.  Without this
check the behavior of the MultiReader is undefined.

Removed Boost dependency in BamMultiReader.cpp

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@52 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Didnt actually add BamMultiMerge and BamMultiReader with last commit. Adding to repository this time, seriously.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@51 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added BamMultiReader and BamMultiMerge

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@50 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Moved BamReaderPrivate::CalculateAlignmentEnd() to BamAlignment::GetEndPosition() to expose it to the public API.  Reorganized BamAux.h to look cleaner and facilitate quick lookup of available data and methods

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@49 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Major speedup of BamReader - removed full character data building until alignment actually requested

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@48 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated BamAux modified date

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@47 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Restored BamDumpMain to old version without dumping tag data

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@46 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Major fix in handling tag data in BamAux.h... checking for null characters in BamAlignment::GetReadGroup() and similar methods

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@45 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Major dumb fix in BamAux.h BamAlignment::SkipToNextTag() - float values are 4 bytes, not 2... moved case statement

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@44 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Modified BamDump to spit out TagData (for debugging)

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@43 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated contact info in README

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@42 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Had some typos in last commit. Fixed.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@41 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fixed: off by 1 in BamWriter, variable tag parsing in BamAux, endian-correctness

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@40 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added #include<cstdio> to BamAux.h to cover use of printf. Added AlignmentFlag setter methods, per request by Aaron.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@39 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fixed fread() related compiler warnings. Fixed std types [u]intX_t errors (used, but not defined in BamAux.h). Added Aaron's stdin/stdout read/write feature.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@38 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated BamAux

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@37 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added empty block EOF to BGZF::Close

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@36 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fixed README typos

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@35 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated README

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@34 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fixed a few more signed/unsigned issues

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@33 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fixed some signed/unsigned int issues

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@32 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated Makefile

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@31 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Major overhaul to BamTools
Separated out Bgzf routines to BGZF.h
Simplified main BamReader.h/BamWriter.h headers, by adding pimpl

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@30 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fix of signed/unsigned in BamReader methods

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@29 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Modified BamAlignment data members to match BAM specs (signed vs unsigned ints)

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@28 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

changed SIZEOF_INT to BT_SIZEOF_INT - namespace collision on Xcode-GCC

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@27 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Changed BamAlignment::InsertSize to signed int... need to test

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@26 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Changed BGZF data member to pointer... to force buffer clean out with new/delete on reader open/close

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@25 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

fixed a bug where the terminal null wasn't being saved in SaveAlignment.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@24 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Changed BAM_CORE_SIZE to unsigned int to remove signed comparison warning in BamReader.cpp:543

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@23 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added BamConversion back to BamTools
Updated Makefile

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@22 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated README

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@21 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Full update to SVN after combining BamReader and BamWriter into cohesive BamTools API.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@20 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Major overhaul of BamReader. No longer relying on bgzf.* API. Sped up random-access. STLUtilities.h no longer needed

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@19 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Had signs reversed in GetOffset error check.  Fixed

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@18 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Removed assertion in GetOffset(), now returns -1 if regionChunks == 0.  Jump() then returns false if offset = -1, else tries to Jump

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@17 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Bug fix in BamMerge.cpp by Chip

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@16 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Chip - removed limits

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@15 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added Chip's BamMerge to the repository

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@14 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Fixed some of the output for tag data.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@13 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Forgot some include statements.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@12 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added tag data support.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@11 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added support for the tag data and provided a GetReadGroup accessor.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@10 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

removed DOS line endings

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@9 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Removed the profiling options since they shouldn't be standard.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@8 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Made many improvements to the code that pass the stricter syntax checking in Visual Studio.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@7 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated the header text to give credit to the Broad Institute for the bgzf routines.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@6 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Defined some of the non-standard data types for compatibility with Visual Studio.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@5 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Added BamConversion to the make clean command

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@4 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Updated BamReaderMain.cpp to remove unused variable warnings from compile.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@3 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

Initial import.

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@2 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b

creating directories

git-svn-id: svn+ssh://gene.bc.edu/home/subversion/Derek/BamTools/trunk@1 9efb377e-2e27-44b9-b91a-ec4abb80ed8b