src/toolkit/bamtools_revert.h

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   2 // bamtools_revert.h (c) 2010 Derek Barnett, Alistair Ward
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
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   6 // Last modified: 7 April 2011
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   8 // Removes duplicate marks and restores original base qualities
   9 // ***************************************************************************
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  11 #ifndef BAMTOOLS_REVERT_H
  12 #define BAMTOOLS_REVERT_H
  13
  14 #include "bamtools_tool.h"
  15
  16 namespace BamTools {
  17
  18 class RevertTool : public AbstractTool {
  19
  20     public:
  21         RevertTool(void);
  22         ~RevertTool(void);
  23
  24     public:
  25         int Help(void);
  26         int Run(int argc, char* argv[]);
  27
  28     private:
  29         struct RevertSettings;
  30         RevertSettings* m_settings;
  31
  32         struct RevertToolPrivate;
  33         RevertToolPrivate* m_impl;
  34 };
  35
  36 } // namespace BamTools
  37
  38 #endif // BAMTOOLS_REVERT_H