src/toolkit/bamtools_header.h

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   2 // bamtools_header.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 7 April 2011
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   7 // Prints the SAM-style header from a single BAM file ( or merged header from
   8 // multiple BAM files) to stdout
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #ifndef BAMTOOLS_HEADER_H
  12 #define BAMTOOLS_HEADER_H
  13
  14 #include "bamtools_tool.h"
  15
  16 namespace BamTools {
  17
  18 class HeaderTool : public AbstractTool {
  19
  20     public:
  21         HeaderTool(void);
  22         ~HeaderTool(void);
  23
  24     public:
  25         int Help(void);
  26         int Run(int argc, char* argv[]);
  27
  28     private:
  29         struct HeaderSettings;
  30         HeaderSettings* m_settings;
  31
  32         struct HeaderToolPrivate;
  33         HeaderToolPrivate* m_impl;
  34 };
  35
  36 } // namespace BamTools
  37
  38 #endif // BAMTOOLS_HEADER_H