src/toolkit/bamtools.cpp

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   2 // bamtools.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 18 May 2011 (DB)
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   7 // Integrates a number of BamTools functionalities into a single executable.
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #include "bamtools_convert.h"
  11 #include "bamtools_count.h"
  12 #include "bamtools_coverage.h"
  13 #include "bamtools_filter.h"
  14 #include "bamtools_header.h"
  15 #include "bamtools_index.h"
  16 #include "bamtools_merge.h"
  17 #include "bamtools_random.h"
  18 #include "bamtools_resolve.h"
  19 #include "bamtools_revert.h"
  20 #include "bamtools_sort.h"
  21 #include "bamtools_split.h"
  22 #include "bamtools_stats.h"
  23 #include "bamtools_version.h"
  24 #include <cstdio>
  25 #include <cstdlib>
  26 #include <iostream>
  27 #include <sstream>
  28 #include <string>
  29 using namespace BamTools;
  30 using namespace std;
  31
  32 // bamtools subtool names
  33 static const string CONVERT  = "convert";
  34 static const string COUNT    = "count";
  35 static const string COVERAGE = "coverage";
  36 static const string FILTER   = "filter";
  37 static const string HEADER   = "header";
  38 static const string INDEX    = "index";
  39 static const string MERGE    = "merge";
  40 static const string RANDOM   = "random";
  41 static const string RESOLVE  = "resolve";
  42 static const string REVERT   = "revert";
  43 static const string SORT     = "sort";
  44 static const string SPLIT    = "split";
  45 static const string STATS    = "stats";
  46
  47 // bamtools help/version constants
  48 static const string HELP          = "help";
  49 static const string LONG_HELP     = "--help";
  50 static const string SHORT_HELP    = "-h";
  51 static const string VERSION       = "version";
  52 static const string LONG_VERSION  = "--version";
  53 static const string SHORT_VERSION = "-v";
  54
  55 // determine if string is a help constant
  56 static bool IsHelp(char* str) {
  57     return ( str == HELP ||
  58              str == LONG_HELP ||
  59              str == SHORT_HELP );
  60 }
  61
  62 // determine if string is a version constant
  63 static bool IsVersion(char* str) {
  64     return ( str == VERSION ||
  65              str == LONG_VERSION ||
  66              str == SHORT_VERSION );
  67 }
  68
  69 // subtool factory method
  70 AbstractTool* CreateTool(const string& arg) {
  71
  72     // determine tool type based on arg
  73     if ( arg == CONVERT )  return new ConvertTool;
  74     if ( arg == COUNT )    return new CountTool;
  75     if ( arg == COVERAGE ) return new CoverageTool;
  76     if ( arg == FILTER )   return new FilterTool;
  77     if ( arg == HEADER )   return new HeaderTool;
  78     if ( arg == INDEX )    return new IndexTool;
  79     if ( arg == MERGE )    return new MergeTool;
  80     if ( arg == RANDOM )   return new RandomTool;
  81     if ( arg == RESOLVE )  return new ResolveTool;
  82     if ( arg == REVERT )   return new RevertTool;
  83     if ( arg == SORT )     return new SortTool;
  84     if ( arg == SPLIT )    return new SplitTool;
  85     if ( arg == STATS )    return new StatsTool;
  86
  87     // unknown arg
  88     return 0;
  89 }
  90
  91 // print help info
  92 int Help(int argc, char* argv[]) {
  93
  94     // check for 'bamtools help COMMAND' to print tool-specific help message
  95     if (argc > 2) {
  96
  97         // determine desired sub-tool
  98         AbstractTool* tool = CreateTool( argv[2] );
  99
 100         // if tool known, print its help screen
 101         if ( tool ) return tool->Help();
 102     }
 103
 104     // print general BamTools help message
 105     cerr << endl;
 106     cerr << "usage: bamtools [--help] COMMAND [ARGS]" << endl;
 107     cerr << endl;
 108     cerr << "Available bamtools commands:" << endl;
 109     cerr << "\tconvert         Converts between BAM and a number of other formats" << endl;
 110     cerr << "\tcount           Prints number of alignments in BAM file(s)" << endl;
 111     cerr << "\tcoverage        Prints coverage statistics from the input BAM file" << endl;
 112     cerr << "\tfilter          Filters BAM file(s) by user-specified criteria" << endl;
 113     cerr << "\theader          Prints BAM header information" << endl;
 114     cerr << "\tindex           Generates index for BAM file" << endl;
 115     cerr << "\tmerge           Merge multiple BAM files into single file" << endl;
 116     cerr << "\trandom          Select random alignments from existing BAM file(s), intended more as a testing tool." << endl;
 117     cerr << "\tresolve         Resolves paired-end reads (marking the IsProperPair flag as needed)" << endl;
 118     cerr << "\trevert          Removes duplicate marks and restores original base qualities" << endl;
 119     cerr << "\tsort            Sorts the BAM file according to some criteria" << endl;
 120     cerr << "\tsplit           Splits a BAM file on user-specified property, creating a new BAM output file for each value found" << endl;
 121     cerr << "\tstats           Prints some basic statistics from input BAM file(s)" << endl;
 122     cerr << endl;
 123     cerr << "See 'bamtools help COMMAND' for more information on a specific command." << endl;
 124     cerr << endl;
 125     return EXIT_SUCCESS;
 126 }
 127
 128 // print version info
 129 int Version(void) {
 130
 131     stringstream versionStream("");
 132     versionStream << BAMTOOLS_VERSION_MAJOR << "."
 133                   << BAMTOOLS_VERSION_MINOR << "."
 134                   << BAMTOOLS_VERSION_BUILD;
 135
 136     cout << endl;
 137     cout << "bamtools " << versionStream.str() << endl;
 138     cout << "Part of BamTools API and toolkit" << endl;
 139     cout << "Primary authors: Derek Barnett, Erik Garrison, Michael Stromberg" << endl;
 140     cout << "(c) 2009-2011 Marth Lab, Biology Dept., Boston College" << endl;
 141     cout << endl;
 142     return EXIT_SUCCESS;
 143 }
 144
 145 // toolkit entry point
 146 int main(int argc, char* argv[]) {
 147
 148     // just 'bamtools'
 149     if ( (argc == 1) ) return Help(argc, argv);
 150
 151     // 'bamtools help', 'bamtools --help', or 'bamtools -h'
 152     if ( IsHelp(argv[1]) ) return Help(argc, argv);
 153
 154     // 'bamtools version', 'bamtools --version', or 'bamtools -v'
 155     if ( IsVersion(argv[1]) ) return Version();
 156
 157     // determine desired sub-tool, run if found
 158     AbstractTool* tool = CreateTool( argv[1] );
 159     if ( tool ) return tool->Run(argc, argv);
 160
 161     // no tool matched, show help
 162     return Help(argc, argv);
 163 }