src/api/internal/io/ByteArray_p.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // ByteArray_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // ---------------------------------------------------------------------------
   5 // Last modified: 10 November 2011 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Provides a dynamic, variable-length byte buffer
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #include "api/internal/io/ByteArray_p.h"
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdlib>
  15 #include <cstring>
  16 using namespace std;
  17
  18 // --------------------------
  19 // ByteArray implementation
  20 // --------------------------
  21
  22 ByteArray::ByteArray(void)
  23     : m_data()
  24 { }
  25
  26 ByteArray::ByteArray(const string& value)
  27     : m_data(value.begin(), value.end())
  28 { }
  29
  30 ByteArray::ByteArray(const vector<char>& value)
  31     : m_data(value)
  32 { }
  33
  34 ByteArray::ByteArray(const char* value, size_t n) {
  35     const string s(value, n);
  36     m_data.assign(s.begin(), s.end());
  37 }
  38
  39 ByteArray::ByteArray(const ByteArray& other)
  40     : m_data(other.m_data)
  41 { }
  42
  43 ByteArray::~ByteArray(void) { }
  44
  45 ByteArray& ByteArray::operator=(const ByteArray& other) {
  46     m_data = other.m_data;
  47     return *this;
  48 }
  49
  50 void ByteArray::Clear(void) {
  51     m_data.clear();
  52 }
  53
  54 const char* ByteArray::ConstData(void) const {
  55     return &m_data[0];
  56 }
  57
  58 char* ByteArray::Data(void) {
  59     return &m_data[0];
  60 }
  61
  62 const char& ByteArray::operator[](size_t i) const {
  63     return m_data[i];
  64 }
  65
  66 char& ByteArray::operator[](size_t i) {
  67     return m_data[i];
  68 }
  69
  70 size_t ByteArray::IndexOf(const char c, const size_t from, const size_t to) const {
  71     const size_t size = ( (to == 0 ) ? m_data.size() : to );
  72     for ( size_t i = from; i < size; ++i ) {
  73         if ( m_data.at(i) == c )
  74             return i;
  75     }
  76     return m_data.size();
  77 }
  78
  79 ByteArray& ByteArray::Remove(size_t from, size_t n) {
  80
  81     // if 'from' outside range, just return
  82     const size_t originalSize = m_data.size();
  83     if ( from >= originalSize )
  84         return *this;
  85
  86     // if asked to clip from 'from' to end (or beyond), simply resize
  87     if ( from + n >= originalSize )
  88         Resize(from);
  89
  90     // otherwise, shift data & resize
  91     else {
  92         memmove( &m_data[from], &m_data[from+n], (originalSize-from-n) );
  93         Resize(originalSize - n);
  94     }
  95
  96     // return reference to modified byte array
  97     return *this;
  98 }
  99
 100 void ByteArray::Resize(size_t n) {
 101     m_data.resize(n, 0);
 102 }
 103
 104 size_t ByteArray::Size(void) const {
 105     return m_data.size();
 106 }
 107
 108 void ByteArray::Squeeze(void) {
 109     vector<char> t(m_data);
 110     t.swap(m_data);
 111 }