src/api/internal/io/BamPipe_p.cpp

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   2 // BamPipe_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 18 October 2012 (DB)
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   7 // Provides BAM pipe-specific IO behavior
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   9
  10 #include "api/internal/io/BamPipe_p.h"
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdio>
  15 #include <iostream>
  16 using namespace std;
  17
  18 BamPipe::BamPipe(void) : ILocalIODevice() { }
  19
  20 BamPipe::~BamPipe(void) { }
  21
  22 bool BamPipe::IsRandomAccess(void) const {
  23     return false;
  24 }
  25
  26 bool BamPipe::Open(const IBamIODevice::OpenMode mode) {
  27
  28     // make sure we're starting with a fresh pipe
  29     Close();
  30
  31     // open stdin/stdout depending on requested openmode
  32 #if defined( SYSTEM_NODEJS ) && SYSTEM_NODEJS == 1
  33     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  34         m_stream = stdin;
  35     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  36         m_stream = stdout;
  37 #else
  38     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  39         m_stream = freopen(0, "rb", stdin);
  40     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  41         m_stream = freopen(0, "wb", stdout);
  42 #endif // SYSTEM_NODEJS
  43
  44     else {
  45         const string errorType = string( (mode == IBamIODevice::ReadWrite) ? "unsupported"
  46                                                                            : "unknown" );
  47         const string message = errorType + " open mode requested";
  48         SetErrorString("BamPipe::Open", message);
  49         return false;
  50     }
  51
  52     // check that we obtained a valid FILE*
  53     if ( m_stream == 0 ) {
  54         const string message_base = string("could not open handle on ");
  55         const string message = message_base + ( (mode == IBamIODevice::ReadOnly) ? "stdin"
  56                                                                                  : "stdout" );
  57         SetErrorString("BamPipe::Open", message);
  58         return false;
  59     }
  60
  61     // store current IO mode & return success
  62     m_mode = mode;
  63     return true;
  64 }
  65
  66 bool BamPipe::Seek(const int64_t&, const int) {
  67     SetErrorString("BamPipe::Seek", "random access not allowed in FIFO pipe");
  68     return false;
  69 }