src/api/internal/SamFormatParser_p.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // SamFormatParser.h (c) 2010 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 23 December 2010 (DB)
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Provides functionality for parsing SAM header text into SamHeader object
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #ifndef SAM_FORMAT_PARSER_H
  12 #define SAM_FORMAT_PARSER_H
  13
  14 //  -------------
  15 //  W A R N I N G
  16 //  -------------
  17 //
  18 // This file is not part of the BamTools API.  It exists purely as an
  19 // implementation detail. This header file may change from version to version
  20 // without notice, or even be removed.
  21 //
  22 // We mean it.
  23
  24 #include <string>
  25 #include <vector>
  26
  27 namespace BamTools {
  28
  29 class SamHeader;
  30
  31 namespace Internal {
  32
  33 class SamFormatParser {
  34
  35     // ctor & dtor
  36     public:
  37         SamFormatParser(BamTools::SamHeader& header);
  38         ~SamFormatParser(void);
  39
  40     // parse text & populate header data
  41     public:
  42         void Parse(const std::string& headerText);
  43
  44     // internal methods
  45     private:
  46         void ParseSamLine(const std::string& line);
  47         void ParseHDLine(const std::string& line);
  48         void ParseSQLine(const std::string& line);
  49         void ParseRGLine(const std::string& line);
  50         void ParsePGLine(const std::string& line);
  51         void ParseCOLine(const std::string& line);
  52         const std::vector<std::string> Split(const std::string& line, const char delim);
  53
  54     // data members
  55     private:
  56         SamHeader& m_header;
  57 };
  58
  59 } // namespace Internal
  60 } // namespace BamTools
  61
  62 #endif // SAM_FORMAT_PARSER_H