src/api/internal/SamFormatParser_p.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // SamFormatParser.h (c) 2010 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // ---------------------------------------------------------------------------
   5 // Last modified: 23 December 2010 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Provides functionality for parsing SAM header text into SamHeader object
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #ifndef SAM_FORMAT_PARSER_H
  11 #define SAM_FORMAT_PARSER_H
  12
  13 //  -------------
  14 //  W A R N I N G
  15 //  -------------
  16 //
  17 // This file is not part of the BamTools API.  It exists purely as an
  18 // implementation detail. This header file may change from version to version
  19 // without notice, or even be removed.
  20 //
  21 // We mean it.
  22
  23 #include <string>
  24 #include <vector>
  25
  26 namespace BamTools {
  27
  28 class SamHeader;
  29
  30 namespace Internal {
  31
  32 class SamFormatParser {
  33
  34     // ctor & dtor
  35     public:
  36         SamFormatParser(BamTools::SamHeader& header);
  37         ~SamFormatParser(void);
  38
  39     // parse text & populate header data
  40     public:
  41         void Parse(const std::string& headerText);
  42
  43     // internal methods
  44     private:
  45         void ParseSamLine(const std::string& line);
  46         void ParseHDLine(const std::string& line);
  47         void ParseSQLine(const std::string& line);
  48         void ParseRGLine(const std::string& line);
  49         void ParsePGLine(const std::string& line);
  50         void ParseCOLine(const std::string& line);
  51         const std::vector<std::string> Split(const std::string& line, const char delim);
  52
  53     // data members
  54     private:
  55         SamHeader& m_header;
  56 };
  57
  58 } // namespace Internal
  59 } // namespace BamTools
  60
  61 #endif // SAM_FORMAT_PARSER_H