src/api/internal/BamReader_p.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // BamReader_p.h (c) 2010 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // ---------------------------------------------------------------------------
   5 // Last modified: 10 October 2011 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Provides the basic functionality for reading BAM files
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #ifndef BAMREADER_P_H
  11 #define BAMREADER_P_H
  12
  13 //  -------------
  14 //  W A R N I N G
  15 //  -------------
  16 //
  17 // This file is not part of the BamTools API.  It exists purely as an
  18 // implementation detail. This header file may change from version to version
  19 // without notice, or even be removed.
  20 //
  21 // We mean it.
  22
  23 #include "api/BamAlignment.h"
  24 #include "api/BamIndex.h"
  25 #include "api/BamReader.h"
  26 #include "api/SamHeader.h"
  27 #include "api/internal/BamHeader_p.h"
  28 #include "api/internal/BamRandomAccessController_p.h"
  29 #include "api/internal/BgzfStream_p.h"
  30 #include <string>
  31
  32 namespace BamTools {
  33 namespace Internal {
  34
  35 class BamReaderPrivate {
  36
  37     // ctor & dtor
  38     public:
  39         BamReaderPrivate(BamReader* parent);
  40         ~BamReaderPrivate(void);
  41
  42     // BamReader interface
  43     public:
  44
  45         // file operations
  46         bool Close(void);
  47         const std::string Filename(void) const;
  48         bool IsOpen(void) const;
  49         bool Open(const std::string& filename);
  50         bool Rewind(void);
  51         bool SetRegion(const BamRegion& region);
  52
  53         // access alignment data
  54         bool GetNextAlignment(BamAlignment& alignment);
  55         bool GetNextAlignmentCore(BamAlignment& alignment);
  56
  57         // access auxiliary data
  58         std::string GetHeaderText(void) const;
  59         SamHeader GetSamHeader(void) const;
  60         int GetReferenceCount(void) const;
  61         const RefVector& GetReferenceData(void) const;
  62         int GetReferenceID(const std::string& refName) const;
  63
  64         // index operations
  65         bool CreateIndex(const BamIndex::IndexType& type);
  66         bool HasIndex(void) const;
  67         bool LocateIndex(const BamIndex::IndexType& preferredType);
  68         bool OpenIndex(const std::string& indexFilename);
  69         void SetIndex(BamIndex* index);
  70         void SetIndexCacheMode(const BamIndex::IndexCacheMode& mode);
  71
  72         // error handling
  73         std::string GetErrorString(void) const;
  74         void SetErrorString(const std::string& where, const std::string& what);
  75
  76     // internal methods, but available as a BamReaderPrivate 'interface'
  77     //
  78     // these methods should only be used by BamTools::Internal classes
  79     // (currently only used by the BamIndex subclasses)
  80     public:
  81         // retrieves header text from BAM file
  82         void LoadHeaderData(void);
  83         // retrieves BAM alignment under file pointer
  84         // (does no overlap checking or character data parsing)
  85         bool LoadNextAlignment(BamAlignment& alignment);
  86         // builds reference data structure from BAM file
  87         bool LoadReferenceData(void);
  88         // seek reader to file position
  89         bool Seek(const int64_t& position);
  90         // return reader's file position
  91         int64_t Tell(void) const;
  92
  93     // data members
  94     public:
  95
  96         // general BAM file data
  97         int64_t     m_alignmentsBeginOffset;
  98         std::string m_filename;
  99         RefVector   m_references;
 100
 101         // system data
 102         bool m_isBigEndian;
 103
 104         // parent BamReader
 105         BamReader* m_parent;
 106
 107         // BamReaderPrivate components
 108         BamHeader m_header;
 109         BamRandomAccessController m_randomAccessController;
 110         BgzfStream m_stream;
 111
 112         // error handling
 113         std::string m_errorString;
 114 };
 115
 116 } // namespace Internal
 117 } // namespace BamTools
 118
 119 #endif // BAMREADER_P_H