src/api/internal/BamPipe_p.h

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   2 // BamPipe_p.h (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 8 September 2011 (DB)
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   7 // Provides reading/writing of piped BAM files (stdin/stdout)
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #ifndef BAMPIPE_P_H
  11 #define BAMPIPE_P_H
  12
  13 //  -------------
  14 //  W A R N I N G
  15 //  -------------
  16 //
  17 // This file is not part of the BamTools API.  It exists purely as an
  18 // implementation detail. This header file may change from version to version
  19 // without notice, or even be removed.
  20 //
  21 // We mean it.
  22
  23 #include <api/IBamIODevice.h>
  24 #include <string>
  25
  26 namespace BamTools {
  27 namespace Internal {
  28
  29 class BamPipe : public IBamIODevice {
  30
  31     // ctor & dtor
  32     public:
  33         BamPipe(void);
  34         ~BamPipe(void);
  35
  36     // IBamIODevice implementation
  37     public:
  38         void Close(void);
  39         bool IsRandomAccess(void) const;
  40         bool Open(const IBamIODevice::OpenMode mode);
  41         size_t Read(char* data, const unsigned int numBytes);
  42         bool Seek(const int64_t& position);
  43         int64_t Tell(void) const;
  44         size_t Write(const char* data, const unsigned int numBytes);
  45
  46     // internal methods
  47     private:
  48
  49     // data members
  50     private:
  51         FILE* m_stream;
  52 };
  53
  54 } // namespace Internal
  55 } // namespace BamTools
  56
  57 #endif // BAMPIPE_P_H