src/api/internal/BamPipe_p.cpp

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   2 // BamPipe_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 8 September 2011 (DB)
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   7 // Provides reading/writing of piped BAM files (stdin/stdout)
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #include <api/internal/BamPipe_p.h>
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdio>
  15 using namespace std;
  16
  17 BamPipe::BamPipe(void)
  18     : IBamIODevice()
  19     , m_stream(0)
  20 { }
  21
  22 BamPipe::~BamPipe(void) {
  23     Close();
  24 }
  25
  26 void BamPipe::Close(void) {
  27
  28     // skip if not open
  29     if ( !IsOpen() ) return;
  30
  31     // flush & close FILE*
  32     fflush(m_stream);
  33     fclose(m_stream);
  34
  35     // reset internals
  36     m_mode = IBamIODevice::NotOpen;
  37     m_stream = 0;
  38 }
  39
  40 bool BamPipe::IsRandomAccess(void) const {
  41     return false;
  42 }
  43
  44 bool BamPipe::Open(const IBamIODevice::OpenMode mode) {
  45
  46     // make sure we're starting with a fresh pipe
  47     Close();
  48
  49     // open stdin/stdout depending on requested openmode
  50     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  51         m_stream = freopen(0, "rb", stdin);
  52     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  53         m_stream = freopen(0, "wb", stdout);
  54     else {
  55         SetErrorString("BamPipe ERROR - unsupported device mode");
  56         return false;
  57     }
  58
  59     // check that we obtained a valid FILE*
  60     if ( m_stream == 0 ) {
  61         string error = "BamPipe ERROR - could not open handle on ";
  62         error += ( (mode == IBamIODevice::ReadOnly) ? "stdin" : "stdout" );
  63         SetErrorString(error);
  64         return false;
  65     }
  66
  67     // store current IO mode & return success
  68     m_mode = mode;
  69     return true;
  70 }
  71
  72 size_t BamPipe::Read(char* data, const unsigned int numBytes) {
  73     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamPipe::Read() - null stream" );
  74     BT_ASSERT_X( (m_mode == IBamIODevice::ReadOnly), "BamPipe::Read() - device not in read-only mode");
  75     return fread(data, sizeof(char), numBytes, m_stream);
  76 }
  77
  78 bool BamPipe::Seek(const int64_t& position) {
  79     (void)position; // suppress compiler warning about unused variable
  80     return false;   // seeking not allowed in pipe
  81 }
  82
  83 int64_t BamPipe::Tell(void) const {
  84     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamPipe::Tell() - null stream" );
  85     return ftell64(m_stream);
  86 }
  87
  88 size_t BamPipe::Write(const char* data, const unsigned int numBytes) {
  89     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamPipe::Write() - null stream" );
  90     BT_ASSERT_X( (m_mode == IBamIODevice::WriteOnly), "BamPipe::Write() - device not in write-only mode" );
  91     return fwrite(data, sizeof(char), numBytes, m_stream);
  92 }